bioinformatics

7熱度

1回答

自從昨天以來，我陷入了一個小而棘手的問題。我所擁有的是一個（可能無限）嵌套表是這樣的： [1,[2,[3,4]]] or [[1,2],[3,4]] and so on. 每個級別上的列表包括兩個子表，（我沒有使用元組，因爲該名單可能會得到任意長度在下一步中）現在我想在此列表中的每個可能位置插入一個元素，並返回所有可能插入位置列表的列表。所以，如果我插入5，我的輸出應該是這樣的： [

-1熱度

1回答

PUBMED作者/文章數據庫

我正在尋找一種方式從pubmed或任何其他來源下載作者和相關的文章數據庫。我似乎無法在ncbi FTP站點的任何位置找到它。有誰知道是否有這樣的數據庫可用？

1熱度

3回答

變量增量的滑動窗口 - Python

我想在Python中使用滑動窗口函數來比較一個非常長的值列表。我已經找到了滑動窗函數的代碼如下： from itertools import islice idlist = [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9] list = [] def window(seq, n=2): "Returns a sliding window (of width n) over

1熱度

1回答

在R的Phylo/Phylo4對象中尋找分支長度的總和

我現在正在處理的問題要求，鑑於R中的系統發育樹對象和該樹的特定提示，我需要找到所有該分支的長度達到該提示。爲phylo或phylo4對象尋找這個將是等價的，因爲我可以在這兩種對象之間自由轉換。我想這應該不會複雜。包「phylobase」提供了查找預先指定節點的所有祖先的功能，並且我們可以使用phylo4對象的@ edge.lengths訪問樹上的邊長。但是，我無法訪問邊緣標籤上的字符串操作而需

1熱度

1回答

Biopython中帶有空隙對齊的PWM

我試圖從Clustalw多序列比對中生成Biopython中的位置加權矩陣（PWM）。每當我用缺口對齊方式進行操作時，我會收到「錯誤的字母」錯誤。從閱讀文檔，我想我需要利用空白字母來處理空格對齊中的' - '字符。但是當我這樣做時，它仍然不能解決錯誤。有沒有人看到這個代碼的問題，或者有更好的方法來從缺口Clustal對齊生成PWM？ from Bio.Alphabet import Gapped

3熱度

2回答

用perl查找DNA序列中的核苷酸

我有序列DNA，我想在人們選擇的位置找到序列的核苷酸。下面是例如：輸入序列的DNA： ACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCAC（序列長度爲33）輸入位置：（12）希望的結果是位置編號12的核苷酸是AAA。我沒有問題找到位置的氨基酸。以下是我現在的代碼。 print "ENTER THE FILENAME OF THE DNA SEQUENCE:= "; $

1熱度

1回答

查找gen列表中SNP的位置

我有SNP數據和gen列表數據。當我和gen列表比較時，我正在查找gen列表數據中的SNP cotain的位置。例如：的SNP數據： Pos_start pos_end 14185 14185 .... ..... 的根目錄數據： 5"side(pos_start) 3"sile(pos_end) 1 1527 1920 1777 ..

-2熱度

1回答

如何找到一個位置和b位置的Mod值與perl

現在我有了數據（txt文件）。我如何找到a位置和b位置的Mod值。例如： my data: posi 13628 16195 GTG GAA BL4_0018 14185 14185 T C 20000 16543 ATG GAC BL4_0019 Hope The result : posi Mod value 16195 GTG

9熱度

4回答

在大型DAG上進行拓撲分類的示例

我在尋找真實世界的應用，其中拓撲分類在大圖大小上執行。一些我可以找到這種實例的領域是生物信息學，依賴關係解析，數據庫，硬件設計，數據倉庫......但是我希望你們中的一些人可能遇到或聽說過任何特定的算法/項目/應用程序/需要topsort的數據集。即使數據/項目可能無法公開訪問，任何提示（以及對潛在圖形大小數量級的估計）都可能有所幫助。

5熱度

3回答

蛋白質結構可視化

我被要求研究蛋白質結構可視化，像RasMol，其中用戶將打開一個pdb文件來獲取蛋白質結構。如何從pdb文件生成蛋白質結構？我想在Python中編寫代碼並使用OpenGL或VTK可視化結構？在這方面有沒有其他模塊可以幫助我？