bioinformatics

    8熱度

    2回答

    正則表達蛋白質消化

    因此，我正在用一種酶（爲了您的好奇心，Asp-N）消化蛋白質序列，該酶在B或D編碼的蛋白質之前以單字母編碼序列切割。我的實際分析使用String#scan作爲捕獲。我試圖找出爲什麼下面的正則表達式不正確地消化它... (\w*?)(?=[BD])|(.*\b) 在先行(.*\b)存在捕獲序列的末尾。 爲： MTMDKPSQYDKIEAELQDICNDVLELLDSKGDYFRYLSEVASGD
    ruby regex bioinformatics 2011-05-18

    5熱度

    1回答

    從純文本中提取信息並使用DOM寫入XML

    目前，我正在設計一些糖生物學領域的格式轉換工具。格式轉換涉及從文本文件轉換爲該字段中標準的XML文件。大多數情況下，我們獲得的數據包含以下純文本文件中感興趣的信息。實際的文件包含在一行中。閱讀和分割這些文本以獲取信息是微不足道的（可能不直觀），但XML是問題所在。 [][b-D-GlcpNAc] {[(4+1)][b-D-GlcpNAc] {[(4+1)][b-D-Manp]
    python xml dom bioinformatics 2011-07-07

    0熱度

    1回答

    python將一個列表寫入文件不正確

    我遇到了將列表寫入文件的問題。我註釋某些文件，將它們轉換爲某種格式，因此我讀取序列對齊文件，將它們存儲在列表中，進行必要的格式化，然後將它們寫入新文件。問題是，當我的包含序列比對的列表結構正確時，將它們寫入新文件時產生的輸出不正確（它不會複製我的列表結構）。我只包括我的輸出的一部分以及它應該是什麼樣子，因爲列表本身太長而不能發佈。 輸出寫入文件： > TRFE_CHICK From XALI
    python text-processing bioinformatics 2011-05-21

    1熱度

    1回答

    如何解決安裝Cufflinks和Boost時發生的問題？

    我在安裝Cufflinks時遇到問題。在安裝Cufflinks之前，我先安裝了Boost： bjam --prefix=/Users/jimmy/Downloads/boost_1_46_1/ toolset=gcc link=static install 這似乎沒關係。 但是，安裝Cufflinks時，似乎安裝Boost時出現問題。見下面的錯誤： checking for python sc
    macos boost bioinformatics 2011-07-10

    9熱度

    3回答

    「StringCut」來使用Mathematica

    規定的位置向左或向右讀this question，我認爲以下問題將使用StringSplit 簡單考慮下面的字符串，我要來「切割」它向左每一個 「d」，使得： 我得到碎片的列表（帶序列不變） StringJoin @fragments給巴ck原始字符串（但如果我必須重新排序片段以獲取此內容則無關緊要）。也就是說，每個片段內的序列都很重要，我不想丟失任何字符。 （我對的例子是蛋白序列（串），其中每個
    string wolfram-mathematica bioinformatics 2011-05-31

    0熱度

    1回答

    按照長度加入列表中的元素 - Python

    我想爲FASTA文件（不使用biopython）設計解析器，並在以下區域遇到問題： 我有一個DNA序列列表，例如['AAACCCGAU '，'AUUCCCCCCGGA'，'AACCCGGUU'，'AAACCCCUU']等。名爲sequence_lines2。 我的目標程序是： 如果列表中的元素有60個字符的倍數，請將其加入下一個元素。 這樣我可以刪除FASTA文件中的換行符。我寫的代碼看起來是這樣
    python bioinformatics 2011-07-20

    1熱度

    2回答

    將標籤添加到bioperl DB :: SAM/BAM

    我有一個bam文件並使用bioperl（Bio :: DB :: Sam）來處理它。 現在我想問一下在這個文件中是否有添加標籤到路線的可能性？ 我使用 my $iterator = $bam->features(-iterator => 1, -flags => {M_UNMAPPED=>0}); while (my $align = $iterator-
    bioinformatics bioperl 2011-06-02

    2熱度

    3回答

    在安裝biopython軟件包

    im使用mac 10.6.7和xcode 4安裝gcc 4.2時遇到問題。 但是當我用安裝biopython： 蟒蛇的setup.py的命令安裝 ，它給出了錯誤的GCC： 10-54-41-155-wireless1x:biopython-1.57 xueran2010$ python setup.py install running install running build runnin
    python bioinformatics biopython 2011-06-07

    10熱度

    3回答

    我可以在字符串上使用K-means算法嗎？

    我正在研究一個python項目，在那裏我研究RNA結構的演變（例如：「（（（...）））」括號代表鹼基對）。重點是我有一個理想的結構和一個朝着理想結構發展的人口。我已經實現了一切，但是我想添加一個功能，讓我可以得到「桶數」，即每代人羣中k個最具代表性的結構。 我正在考慮使用k-means算法，但我不確定如何在字符串中使用它。我發現scipy.cluster.vq，但我不知道如何在我的情況下使用它。
    python algorithm cluster-analysis bioinformatics k-means 2011-06-09

    2熱度

    2回答

    在每次發生字符串時查找，替換和增加

    對於這個非常簡單的問題，我對腳本編程相對陌生，並且提前道歉。我相信我已經搜索得非常徹底，但顯然沒有其他答案或食譜書明確足以讓我理解（如here - 仍然無法獲得）。 我有一個由字母串（DNA，如果你在意的話）組成的文件，每行一個字符串。在每個字符串上方插入另一行來標識基礎字符串。對於那些生物信息學家，我試圖用fasta格式編寫測試數據集，也許你有工具？無論如何，我會在每個「>」後加上一個不同的單詞
    bash replace sed increment bioinformatics 2011-06-11
最新問題