查找gen列表中SNP的位置

Question

我有SNP數據和gen列表數據。當我和gen列表比較時，我正在查找gen列表數據中的SNP cotain的位置。例如：

1. 的SNP數據：

   Pos_start pos_end 
   14185  14185  
   ....  ..... 
   

2. 的根目錄數據：

   5"side(pos_start) 3"sile(pos_end) 
       1     1527  
       1920    1777 
       ....    ..... 
   

3. 結果：在位置SNP的14185含有的16185位gen列表。

下面是我的代碼，但它在排序數字時有一些問題。

#!/usr/bin/perl -w 

    open(POS1,"<posi1.txt"); (I collect two data and save with posi1.txt) 
    @posi1=<POS1>; 
    open(list,">list.txt"); 
    @list1=@posi1; 
    @list2= sort num_last (@list1); 
    $list2 = join('', @list2); 

    print $list2; 
    print list $list2."\n\n"; 
    close(list); 
    sub num_last { 
my ($num_a, $num_b); 
$num_a=$a=~ /＾[0-9]/; 
$num_b=$b=~ /＾[0-9]/; 
if ($num_a && $num_b){ 
    return $a<=>$b; 
} elsif ($num_a){ 
    return 1; 
} elsif ($num_b){ 
    return -1; 
} else { 
    return $a cmp $b; 
} 
     } 

如果您能給出一些建議，我將不勝感激。

Answer 1

首先，您的排序子不會對您傳遞的值進行操作。它應該像

sub num_last { 
    my ($num_a, $num_b); 
    my ($a,$b) = @_; 
    .... 
} 

比，你真的只得到了第一位在一個字符串如果字符串從數字開始。以防萬一，最好添加跳過所有主要的空格。

($num_a) = $a =~ /^\s*(\d+)/; 
($num_b) = $b =~ /^\s*(\d+)/; 

\d+相當於[0-9]+，而是兩個字符短:)。大括號強制list context那麼，$num_a和$num_b接收第一匹配組的內容：(\d+)。

比，你不需要<=>算子的，因爲$num_a和$num_b應弦，這樣可以簡化您的條件：

if (!$num_a) 
    return -1; 
if (!$num_b) 
    return 1; 
return $a cmp $b; 

不知道，但它可能是爲return $a cmp $b一樣簡單，但我不確定空var是否小於非空字符串，並且指尖上沒有perl。所以，最終num_last功能：

sub num_last{ 
    my ($num_a, $num_b); 
    my ($a,$b) = @_; 

    ($num_a) = $a =~ /^\s*(\d+)/; 
    ($num_b) = $b =~ /^\s*(\d+)/; 

    if (!$num_a) 
     return -1; 
    if (!$num_b) 
     return 1; 
    return $a cmp $b; 
} 

如果你需要逆向排序，只是my ($b,$a) = @_;

更換my ($a,$b) = @_;而且，我寫它沒有任何編譯器幫助，所以有可能在其中會有一些小錯誤。