bioinformatics

    6熱度

    2回答

    是否有一個函數可以計算給定對齊參數的對齊序列的分數？

    我嘗試對已經對齊的序列進行評分。 讓說 seq1 = 'PAVKDLGAEG-ASDKGT--SHVVY----------TI-QLASTFE' seq2 = 'PAVEDLGATG-ANDKGT--LYNIYARNTEGHPRSTV-QLGSTFE' 與給定參數 substitution matrix : blosum62 gap open penalty : -5 gap exte
    python bioinformatics biopython 2011-04-16

    4熱度

    2回答

    使用R的分類數據的繪圖

    我有一個蛋白質名稱列表（P1，P2，...，Pn），它們被分爲三個不同的表達水平高（H），中（M）和低（L ）在三個實驗條件（Exp1，Exp2和Exp3）中測量。 我想繪製一張如圖中底部所示的圖，左邊的蛋白質名稱以及沿頂部和高，中，低等級的實驗名稱用紅色表示，藍色和綠色。 我是R的新手，我非常感謝任何幫助。 在此先感謝
    r plot ggplot2 bioinformatics 2011-04-22

    5熱度

    1回答

    NCBI基因數據庫問題

    我試圖找到基因名稱和染色體位置的gene_info文件。但是，我似乎無法在NCBI FTP站點上找到它。任何人都可以給我一個指針？
    bioinformatics ncbi 2011-05-01

    0熱度

    2回答

    從匹配對象中提取數據

    我有一個很長的序列，在整個序列字符串中隨機地重複一個特定的字符串（'說GAATTC'）。我目前使用正則表達式.span（）向我提供模式'GAATTC'所在的索引。現在我想用這些索引來切割G和A之間的模式（即'G | AATTC'）。 如何使用匹配對象中的數據將它們分割出來？
    python regex bioinformatics 2011-05-03

    3熱度

    4回答

    使用Python中的ASCII文件查找/替換帶有註釋的子字符串

    我在處理生物信息學項目時遇到了一些編碼問題。基本上，我的任務是從數據庫中提取基序序列，並使用這些信息來註釋序列比對文件。對齊文件是純文本，因此註釋不會有任何細節，最好只是用對齊文件本身中的星號替換提取的序列。 我有一個腳本，它掃描數據庫文件，提取所有我需要的序列，並將它們寫入輸出文件。我需要的是，在給出查詢的情況下，讀取這些序列並將它們匹配到ASCII對齊文件中相應的子字符串。最後，對於每個出現的
    python text-processing bioinformatics biopython 2011-05-03

    2熱度

    2回答

    不同的爆破工具

    我目前正在尋找商業與非商業爆破工具。我已經多次使用NCBI blast來進行當地的blast搜索，但現在我正在尋找有趣的替代方案。在我的搜索過程中，我發現了一些有趣的結果，如CUDA-Blast，GPU-Blast，WU-Blast，BlastStation2，mpiBlast和Turboblast。任何人都可以使用這些工具？或者有沒有類似BlastStation2的工具，我錯過了？我錯過了任何重
    bioinformatics blast 2011-05-05

    0熱度

    2回答

    創建一個函數以允許標題行和列名稱列

    我正在定義一個函數，它將返回列表，其中元素零是2D陣列，元素之一是標題信息，元素2是rowname。我怎樣才能從文件中讀取這其中 文件看起來像這樣： 基因S1，S2，S3 S4 S5 100 -0.243 -0.021 -0.205 -1.283 0.411 10000 - 1.178 -0.79 0.063 -0.878 0.011 def input2DarrayData(fn):
    python function bioinformatics 2011-05-08

    1熱度

    3回答

    有條件負整數

    我正在定義一個函數來計算列表的標準偏差。有時這個列表的意思是否定的，所以我的函數不能取消一個負數的平方根，返回給我一個錯誤。 這似乎很簡單，我只是想不起來。我想爲我的函數寫一個條件，說如果有一個負數，乘以-1，因爲負數的平方根不能被採用。 我該怎麼寫這句話？ def stdevValue(lst): """calculates the standard deviation of a list o
    python math conditional bioinformatics 2011-05-09

    1熱度

    2回答

    如何比較python中兩個CSV的列？

    嗨 我有兩個CSV文件作爲輸入，例如： 文件1： AK163828 chr5 s1 + e1 cttt 4 AK163828 chr5 s2 + e2 gtca 4 AK168688 chr6 s3 + e3 ggcg 4 AK168688 chr6 s4 + e4 tctg 4 文件2： chr6s3+e3 ggcg chr5s1+e1 cttt chr6s4+e4 tata c
    python csv compare bioinformatics 2011-05-14

    1熱度

    1回答

    BioPython字母湯

    Biopython noob在這裏，我試圖創建一個程序，使用Biopython包字母和字母模塊IUPAC寫出名爲alphabetSoupOutput.txt的文件列出的類的字母。 ThreeLetterProtein IUPACProtein unambiguous_dna ambiguous_dna ExtendedIUPACProtein ExtendedIUPACDNA 字母每組應該在輸出文
    python bioinformatics biopython 2011-05-17
最新問題