bioinformatics

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    生物信息學的最佳操作系統？

    生物信息學作業系統的最佳選擇是什麼？對於64位Windows，一般用於Linux/Unix或OS X，大多數工具是？
    operating-system bioinformatics 2009-04-21

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    簇短的，均勻的字符串根據共同子圖案和提取的類共識

    任務（DNA）： 羣集短DNA片段的大池在共享公共子序列圖案和找到的類每個班級的共識序列。 池：約。 300序列片段 8 - 每個片段20個字母 4個可能的字母：A，G，T，C 每個片段以三個區域構成： 5個通用字母 8或克氏和C的 5個通用字母的多個位置 （如正則表達式，這將是[gcta]{5}[gc]{8,}[gcta]{5}） 安排： 進行多重比對（即withClustalW2）來找到在區域
    string cluster-analysis bioinformatics dna-sequence 2009-10-02

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    如何從Perl中的DNA序列提取起始和終止密碼子？

    我有一個代碼，試圖確定給定DNA序列的起始密碼子和終止密碼子的位置。 我們定義起始密碼子爲一個ATG序列和端密碼子爲TGA，TAA，TAG序列。 我遇到的問題是下面的代碼僅適用於前兩個序列（DM208659和AF038953），但其餘部分不適用。 我的方法出現了什麼問題？ 該代碼可以從here複製粘貼。 #!/usr/bin/perl -w while (<DATA>) { ch
    perl bioinformatics 2009-10-13

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    輸出兩行多列蟒蛇

    我有包含以下信息的輸出列表的工作： [start position, stop position, chromosome, [('sample name', 'sample value'), ('sample name','sample value')...]] [[59000, 59500, chr1, [('cn_04', '1.362352462'), ('
    python file format bioinformatics 2009-10-15

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    直接從我的應用程序執行BLAST/SmithWaterman搜索

    我正在研究一個小應用程序，並正在考慮將BLAST或其他本地對齊搜索集成到我的應用程序中。我的搜索只提出了需要安裝並作爲外部程序調用的程序。 有沒有辦法從頭開始實施它？任何預製的圖書館可能？
    c mpi sequence bioinformatics 2009-09-16

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    BioPython：使用Entrez.esummary/Entrez.read跳過不良的GID

    對於奇怪的標題感到抱歉。 我使用eSearch & eSummary去從 登錄號 - > GID - > TaxID 假設 '種質' 是20登錄號的列表（我做20在同一時間因爲這是NCBI允許的最大值）。 我做的： handle = Entrez.esearch(db="nucleotide", rettype="xml", term=accessions) record = Entrez.re
    python bioinformatics biopython 2009-10-06

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    查詢DNS服務記錄查找主機名和TCP/IP

    在有關生命科學標識符紙（見LSID Tester, a tool for testing Life Science Identifier resolution services），羅德里克博士DM頁寫道： 鑑於LSID甕：LSID **： ubio.org **：namebank：11815，查詢DNS的SRV記錄_lsid._tcp。 ubio.org返回animalia.ubio.org:80
    java dns host bioinformatics 2009-04-10
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