我需要提取枯草芽孢桿菌的基因間序列。 我有枯草芽孢桿菌中的R，與seqinr進口的完整DNA序列。 我使用包seqinr的函數read.fasta將dna序列導入到R中; 我然後創建來自枯草芽孢桿菌基因庫文件中使用包「genbankr」來提取基因間座標的GRANGES對象。 這是我GRANGES的格式與基因間座標對象： GRanges object with 3841 ranges and 1 m
我正在嘗試將.fasta文件導入到bwa中，以便使用參考基因組將映射到我的讀取映射。不過，我目前得到這個錯誤： [E::bwa_idx_load_from_disk] fail to locate the index files
任何幫助嗎？這裏是我的代碼： #!/bin/bash
source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/module
我正在使用Perl中的CGI腳本生成HTML頁面。 我需要篩選一些序列以檢查它們是否包含特定模式;如果它們包含它，我需要在我的頁面上打印每行50個鹼基的序列，並突出顯示序列中的模式。我的序列在一個名爲%hash的散列中;鍵是名稱，值是實際序列。 my %hash2;
foreach my $key (keys %hash) {
if ($hash{$key} =~ s!(aaagg)!
我正在研究一個生物信息學項目，我正在研究非常大的基因組。 Seg一次只能讀取135行，所以當我們餵食基因組時，它會被超載。我正在嘗試創建一個perl命令，將這些部分拆分爲135行部分。由於有80列，因此字符數限制爲10,800。這是我迄今爲止 #!usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
my $str =
'>AATTCCGG
TTCCGGAA