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    PS簡單的方法來顏色文字

    我有一個postscript文件，其中包含由njplot輸出的系統發育樹。它基本上由行尾的行和標籤組成。現在它是黑​​色和白色，但我想標記不同的樹木之間的差異： 下面是從我的一個文件只有三個標籤的簡短摘錄。 a）我需要做些什麼來使「B. ovis 25840」以紅色顯示？ 二）如何讓一個盒子圍繞「豬B. 23445」和「B湯姆森」（比如，以紀念他們在同一個組？） /setpacking where
    bioinformatics postscript 2017-08-14

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    使用猿來分階段的fasta文件，並創建一個DNAbin文件作爲輸出，然後測試tajima的D使用pegas

    我試圖完成非常簡單的任務閱讀一個unphased fasta文件，並逐步使用猿，然後計算田島的D使用pegas，但#my數據似乎沒有正確讀取。輸入和輸出是#follows： library("ape") library("adegenet") library("ade4") library("pegas") DNAbin8c18 <- read.dna(file="fasta8c18.f
    r bioinformatics 2017-08-31

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    用snakelike編寫的任何通路分析

    我有RNA-Seq數據，我想通路分析。有誰知道是否有任何通路分析工作流程是用snakemake編寫的？ 預先感謝您。
    bioinformatics snakemake 2017-08-31

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    mas5正常化錯誤：無法找到函數的繼承方法

    目標：mas5正常化數據。 問題：當我嘗試以下方法R代碼裏面，我得到這個 error: unable to find an inherited method for function bg.correct for signature ExpressionFeatureSet, character 我有這麼看着，發現以下幾點：What does this mean: unable to find
    r bioinformatics bioconductor 2017-09-04

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    接受稍微不同的輸入snakemake規則（.fq VS .fq.gz）

    我是新來snakemake，並希望能夠通過trim_galore採取任何一對.fq文件或一對文件，並運行他們得到一副修剪的輸出文件。沒有給我所有的Snakefile，我有下面的醜陋的解決方案，我剛剛複製規則並更改輸入。什麼會是更好的解決方案？ #Trim galore paired end trimming rule for unzipped fastqs: rule trim_galore_u
    bioinformatics snakemake 2017-09-06

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    從SeqIO.index生成的字典中刪除項目

    我正在使用Python 2.6.6，並且我試圖刪除中的，它們與file1中的讀取重疊（即相同）。這裏是代碼我想實現： ref_reads = SeqIO.index("file1.fastq", "fastq") spk_reads = SeqIO.index("file2.fastq", "fastq") for spk in spk_reads: if spk in ref_r
    python dictionary bioinformatics biopython fastq 2017-09-13

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    蟒蛇：找到輸入到輸出的路徑在networkX

    編輯：現在看好正如標題所說，我試圖讓計算數量的功能如何，每個節點 計算的「循環路徑」＃網絡中任何節點的「信號路徑」。節點的信號路徑是從多個輸入中的一個輸入到該節點所屬的多個輸出之一的路徑。我正在使用一個已經叫做all_simple_paths的算法，它是一個返回從輸入到輸出的每條路徑的生成器。 然而，即使我的代碼看起來正確，我得到不正確的結果。這裏的功能： def signal_path_coun
    python path network-programming bioinformatics networkx 2017-08-03

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    列表索引超出範圍Python 2的錯誤

    我有上面的代碼作爲更大代碼的一部分來做一些解析和一點點。每當我運行代碼時，都會收到以下錯誤消息「列表索引超出範圍」。我打印的文件夾所以我看到他們，我也得到了以下打印： 「velvet_results2/velvet_results_assembly/my_sample_velvet 」。 和my_sample_velvet文件夾內是我需要解析的xml文件。任何人都可以幫我解決這個問題嗎？ matc
    python python-2.7 bioinformatics 2017-08-04

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    Biopython肌肉多重序列比對？

    我剛學會使用python（和Biopython），所以這個問題可能會說明我的經驗不足。 爲了在一個文件中（FileA.fasta），我用下面的代碼進行MSA序列： from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline inp = 'FileA.fasta' outp = 'FileB.fasta' cline = MuscleCommand
    python alignment bioinformatics biopython 2017-08-09

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    TCGABiolinks錯誤：名稱（y）< - 1：長度（y）：'名稱'屬性[2]中的錯誤長度必須與向量[0]的長度相同

    任何有關爲什麼我會收到錯誤在TCGABiolinks中運行標準化步驟？
    r normalization bioinformatics bioconductor 2017-08-12
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