bioinformatics

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    如何通過BioPython自動將PMC全文保存到磁盤？

    有沒有辦法下載並保存Entrez模塊返回到本地磁盤的XML文件？什麼我目前做的是： fetch = Entrez.efetch(db='pmc', resetmode='xml', id=ids, rettype='full') article = fetch.read() 然後保存article這是一個str對象通過Python的寫入功
    python bioinformatics biopython pubmed 2017-04-11

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    python中的特定模式內的字符串切割

    我有一些長度只有4個字符的字符串，它們是'A，T，G和C'。我在給定的字符串中出現了多次「GAATTC」模式。我不得不削減的字符串在間隔，其中這種模式.. 例如，對於一個字符串，「ATC GAATTC ATA」，我應該得到的 串一個輸出 - ATCGA 線二 - ATTCATA 我是新手在使用Python，但我想出了以下（不完全）代碼： seq = seq.upper() str1 = "GAA
    python string bioinformatics 2017-04-12

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    我需要幫助完成這個生物信息學程序

    我需要創建一個程序，可以將一些文本文件稱爲fasta文件並將其轉換爲sequence_name，Domain_names，Domain of Domain，Domain of Domain。 所以一個FASTA文件只是一個文本文件，它看起來像這樣 >MICE_8 ATTCGATCGATCGATTTCGATCGATCGATCGATCGGGATCGATCGATCGATCGATC >MICE_59
    python bioinformatics fasta blast 2017-04-15

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    如何在使用R語言的現有github代碼中使用我自己的數據集

    我發現R中的軟件包類似於我在Github中的工作。如何使用我的數據集而不是其數據集。任何教程或視頻爲此，.Thanks先進
    r github machine-learning deep-learning bioinformatics 2017-04-17

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    如何通過比較值

    的範圍在下面的數據合併兩隻大熊貓dataframes（或轉讓值）： data01 = contig start end haplotype_block 2 5207 5867 1856 2 155667 155670 2816 2 67910 68022 2 2 68464 68483 3 2 525 775 132 2 118938 119559 1157 data02 =
    python pandas dataframe merge bioinformatics 2017-04-18

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    查找最常見的k聚體和它們在C++

    外觀的數量對於k聚https://en.wikipedia.org/wiki/K-mer 我試圖找到一個大的fastq文件最常見的k聚體。我的計劃是使用MISRA-格里斯算法來找出最頻繁的k聚體，然後用第二遍搜索每一個頻繁k鏈節的數量在文件中。但我認爲我的算法不夠高效。以下是我的第一份草案。我儘量內存儘可能高效。（程序不能運行內存不足） 我也發現了這個DSK算法，但是這個人是太難受，沒有看到一個簡
    c++ algorithm memory bioinformatics 2017-04-19

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    如何在Python中編輯文本（.fastq）文件

    我有一個文件，如下面的小例子。每4行都與一個ID相關。每個ID的第二行以N開頭。我想在行首開始刪除N，其他所有內容都保持不變。 我想在python中做到這一點。你知道怎麼做嗎？ 例如： @SRR2163140.1 HISEQ:148:C670LANXX:3:1101:1302:1947 length=50 NGCGACCTCAGATCAGACGTGGCGACC +SRR2163140.1 HI
    python bioinformatics 2017-04-21

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    將每個循環的結果保存爲新的數據框

    這是我的第一篇文章，因此對任何不便之處表示道歉。 我想從它的函數getProfileData（）從cBioPortal中提取RNAseq數據。我想用列表元素生成的參數在我的列表的每個元素上調用這個函數。我包括一個圖書館，例如癌症和可以通過此功能調用的示例基因。 library(cgdsr) mycgds = CGDS("http://www.cbioportal.org/") cancers
    r for-loop bioinformatics 2017-04-21

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    在字符串列表中的空格中插入字符

    我試圖通過在每行中的空格之間添加「 - >」和「：」來追加字符串列表。我的電流輸出是這樣的： 0 1 A 1 2 T 2 3 A 3 4 G 4 5 A 2 6 C 0 7 G 7 8 A 8 9 T 但我想它看起來像： 0->1:A 1->2:T 2->3:A 3->4:G 4->5:A 2->6:C 0->7:G 7->8:A 8->9:T 你可以找到我
    python string append bioinformatics 2017-04-24

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    Bioformats-Python錯誤：'ascii'編解碼器無法編碼字符u'\ xb5'當使用OMEXML（）

    我想在Python中使用bioformats讀取顯微鏡圖像（.lsm，.czi，.lif ，你將其命名），打印出元數據並顯示圖像。 ome = bf.OMEXML(md)給我一個錯誤（下面）。我想這是關於存儲在md內的信息。它不喜歡md中的信息不全是ASCII。但是，我如何克服這個問題呢？ 這是我寫的： import Tkinter as Tk, tkFileDialog import os
    python xml ascii bioinformatics biopython 2017-04-24
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