BWA找不到本地索引文件

Question

我正在嘗試將.fasta文件導入到bwa中，以便使用參考基因​​組將映射到我的讀取映射。不過，我目前得到這個錯誤：

[E::bwa_idx_load_from_disk] fail to locate the index files 

任何幫助嗎？這裏是我的代碼：

#!/bin/bash 

source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh 
module load fastqc/0.10.1 
module load fastx/0.0.13 
source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh 
module load pear/0.9.10 
source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh 
module load fastqc/0.10.1 
module load fastx/0.0.13 
module load bwa/0.7.12 
module load samtools/1.2 
source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh 
module load trimmomatic/0.35 

r=20 
####mapping 
#Indexing reference library for BWA mapping: 
bwa index -a is ~/gz_files/sample_things/fungiref.fa fungiref 

bwa mem fungiref sample${r}_clipped_paired.assembled.fastq > sample${r}.sam 

#sort and convert to bam 
samtools view -bS sample${r}.sam | samtools sort - sample{r}_sorted 

#counts and stats 
samtools index sample${r}_sorted.bam 
samtools idxstats sample${r}_sorted.bam > ${r}_counts.txt 

Answer 1

爲bwa index用法

bwa index [-p prefix] [-a algoType] <in.db.fasta> 

您的使用不符合這一點;這是一個恥辱，bwa默默地接受這個，而不是立即拋出一個錯誤。令人煩惱的是，也沒有辦法爲索引指定路徑前綴。你堅持你的參考位置。

無論如何，索引文件名來源於FASTA參考文件。因此您需要調整您的索引文件名在隨後的命令：

bwa mem ~/gz_files/sample_things/fungiref.fa sample${r}_clipped_paired.assembled.fastq > sample${r}.sam