bioinformatics

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我有一個巨大的「範圍」的數據，這個數據是GenomicRanges格式，如果我將它轉換爲data.frame，如下一個例子： file <- "seqnames start end width strand chr1 2 5 4 * chr2 3 7 5 *" file<-read.table(text=file,header=T) 我想分解這個「範圍」在這個例子中的個人職位： fi

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通過Needleman Wunsch表追溯

我正在嘗試通過完整的DP表做回溯。假設表格正確填寫了正確的值..如果需要，我可以發佈表格的片段。但這裏是我的代碼片段從回溯生成字符串 def stringBuilder(array, xLine, yLine): StringA, StringB = "", "" i, j = len(xLine), len(yLine) minCost = array[i][

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在長查詢功能中取消AJAX請求

我正在實施一個可以監控後臺作業的應用程序（BLAST program）。我希望當PID等於0時停止輪詢過程。但在我的長輪詢例子中，輪詢過程繼續運行，甚至使用abort()函數。此解決方案不適合我。 var poll_xhr; (function doPoll() { setTimeout(function() { poll_xhr = $.ajax({

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如何在python中生成所有可能的排列？

我想解決一個生物信息學問題。基本上，用戶輸入一個整數，並且輸出所有可能的A，C，G，T排列，這些排列是所估算整數的長度。整數可以更大4.例如：如果用戶輸入2，I將輸出： ['AA', 'AC', 'AG', 'AT', 'CA', 'CC', 'CG', 'CT', 'GA', 'GC', 'GG', 'GT'] 如果用戶輸入5，I將輸出： ['AAAAA', 'AAAAC', 'AAAAG

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如何從pubmed獲取最新論文

這是一個具體問題，但有人必須這樣做。我想從pubmed那裏得到最新的論文。不是關於某些主題的文章，而是所有主題。我想根據修改日期（mdat）進行查詢。我使用biopython.py和我的代碼看起來像這樣 handle = Entrez.egquery(mindate='2015/01/10',maxdate='2017/02/19',datetype='mdat') results = Entr

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讓R有光澤renderPlot與文本輸入無關

我正在處理我的第一個Shiny應用程序，並且無法爲我的情節制作一個輸入參數，而無法響應用戶輸入到textInput框中。這是一個瘦身的代碼示例，這應該看起來很熟悉那些以前曾經與之合作過的人。 #ui.R library(shiny) shinyUI(fluidPage( titlePanel("Shiny App"), sidebarLayout( sidebar

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爲什麼requests.post對Clustal Omega服務沒有反應？

import requests MSA_request=""">G1 MGCTLSAEDKAAVERSKMIDRNLREDGEKAAREVKLLLL >G2 MGCTVSAEDKAAAERSKMIDKNLREDGEKAAREVKLLLL >G3 MGCTLSAEERAALERSKAIEKNLKEDGISAAKDVKLLLL""" q={"stype":"protein","seque

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更改FASTA文件頭

我有幾個FASTA文件，我想更改頁眉 >XP_001267680.1 conserved hypothetical protein [Aspergillus clavatus NRRL 1] MTEILARLTAPSAYRYASCEILEDYGRQLRELIAYIKQPRTTADIATAAEFLLDNLDPSLHSASY... >XP_001267682.1 60S ribosomal pro

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如何將大型生物格式文件轉換爲可異步訪問寬度的類數據庫文件JavaScript

優點！我有一個可視化項目，將生物數據呈現給canvas圖表，其中我使用名爲jgv.js（doc API）的javascritp框架來生成畫布。這裏有一個簡單的配置演示： <!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>IGV Data Vis</title> <link

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如何使用R中包含特定ID的數據幀對fasta文件進行子集化？

我有一個複雜的fasta文件，其中包含794個條目，我想根據我創建的各種ID列表進行子集化。的FASTA文件是格式如下所示： >5_B1_CZ.1:572-889 ID:5_B1 Contig:1 ATGTCCTGGATDCGTTACTTGTGTATTGCCGGTCCTC 基於前面的回答中，我使用下面的代碼讀取FASTA文件。 fastafile<- read.fasta(file = "