我正在使用pymol的迭代獲取所有殘基編號,然後使用它們檢索殘基名稱。我認爲這不是最好的辦法。我試圖尋找一種biopython的方式無濟於事。我希望你的意見和建議。 一個側面的問題,有時甚至是鏈[i] .resname給我一個KeyError:('','number','')帶有一定的殘基,這使我使用try和except塊。任何替代品? from Bio import *
from Bio.PD
我用perl程序,使這隻需一個序列在時間發現的圖案生物信息學服務器,把我的序列($ SEQ),同時從文本文件(example.txt)包含6000多個超過10000bp的序列。問題是當我的序列超過1408bp時,由於這樣的長度,我得到URL無法檢索的錯誤。請幫助我解決perl中的這個問題。 #!usr/bin/perl
use LWP::Simple;
my $file = 'example.
所以我有一個DNA序列 DNA = "TANNNT" where N = ["A", "G", "C", "T"] 我希望有TAAAAT, TAAAGT, TAAACT, TAAATT.....等所有可能的輸出。 現在從網上我發現了排列的解決方案,我可以做 perms = [''.join(p) for p in permutations(N, 3)] 然後就重複我的DNA序列 TA + perm