mas5正常化錯誤：無法找到函數的繼承方法

目標：mas5正常化數據。mas5正常化錯誤：無法找到函數的繼承方法

問題：當我嘗試以下方法R代碼裏面，我得到這個

error: unable to find an inherited method for function bg.correct for signature ExpressionFeatureSet, character

我有這麼看着，發現以下幾點：What does this mean: unable to find an inherited method for function ‘A’ for signature ‘"B"’，但我不完全知道如何解決我的具體問題並正確使用mas5功能。我也看了一下這個affy manual，但仍停留...

installpkg("affy") 
library('affy') 
setwd("/Users/er/Desktop/DesktopFolders/DataSets/CD8Helios/Microarray/CELfiles/CEL") 
cel_Files <- list.celfiles() 
affyRaw <- read.celfiles(cel_Files) 
eset <- mas5(affyRaw)

來源

2017-09-04 ER_18

由於錯誤提示正常化，似乎是一個'ExpressionFeatureSet'被作爲輸入，沒有簽名可用來運行功能這類對象。 'mas5（）'函數聲明一個從'AffyBatch'繼承的對象必須作爲輸入（http://bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/affy/man/affy.pdf）。 'ExpressionFeatureSet'不會從'AffyBatch'繼承。 – dvantwisk

如果您確信該.cel文件是基於陣列的，與affy包，那麼你應該試試這個工作流程的工作類型進行了實驗創建使用affy包裝中的ReadAffy。

cel_Files <- list.celfiles() 
affyRaw <- affy::ReadAffy(filenames=cel_Files) 
eset <- mas5(affyRaw)

但是，它可能是在affy包不適合你的數組類型的情況。然後，您應該切換到oligo和oligoClasses包和具有類似功能rma

cel_Files <- oligoClasses::list.celfiles() 
affyRaw <- oligo::read.celfiles(cel_Files) 
eset <- oligo::rma(affyRaw)

來源

2018-01-16 13:36:12 storaged

mas5正常化錯誤：無法找到函數的繼承方法

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