帶有字母的氨基酸頻率直方圖

Question

我試圖在肽庫中獲取氨基酸組成和頻率的圖形視圖。

我知道如何創建一個基本的直方圖有R，但我經常看到這樣的plot in publication

我能做到有R類似的東西？

Answer 1

這種類型的數字通常使用WebLogo或類似軟件生成。

有一個R wrapper for WebLogo。這是幾歲，我不知道它有多好。

也有ggseqlogo（更近期，看起來不錯）和在Bioconductor包，seqLogo;我不知道後者是否處理肽。