bioinformatics

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我試圖只從NCBI的xml BLAST文件中提取第一個命中。接下來我只想得到第一個HSP。在最後階段，我想根據最佳分數獲得這些信息。來把事情說清楚這裏的xml文件的樣本： <?xml version="1.0"?> <!DOCTYPE BlastOutput PUBLIC "-//NCBI//NCBI BlastOutput/EN" "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/d

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運行BLAST與BioPython

查詢我想 BLAST幾個序列檢索每個查詢池前100命中左右的下載序列刪除重複我如何在BioPython中做到這一點？

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R統計軟件包：包裝GOFrame對象

我正在嘗試生成GOFrame對象以在R中爲無支持生物生成基因本體映射（請參閱http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GOstats/inst/doc/GOstatsForUnsupportedOrganisms.pdf）。但是，按字面上的指示不能幫助我。下面的代碼我執行（R 2.9.2在Ubuntu考拉64位） l

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計算DNA序列

你能告訴我怎樣可以通過Java中使用Levenshtein算法

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評估BLASTn評分的重要性？

我正在運行獨立的命令行blast來對許多查詢序列對核苷酸的大型數據庫序列進行比對。我可以修改blastn程序的命令行參數以更改各種參數，例如匹配/不匹配分數。我在想 - 對於blastn輸出的「比特分數」，比較相同查詢和數據庫序列但不同匹配/不匹配參數的比對的比特分數是否有意義？我試圖評估爆炸如何以各種參數值表現出來，但我想確保所有事情都在正確的比較。謝謝。

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生物信息學資源

什麼時候編程，我們肯定有一些博客要跟隨，但是當你想嘗試一個不同的領域時，你怎麼能找到這些大名？我想嘗試bioinfrmatics領域，並添加到我的每日日程表一些博客讀取此域。你能推薦我一些博客嗎？

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multiFASTA文件處理

我很想知道是否有任何生物信息學工具可以處理multiFASTA文件，這些文件可以爲我提供諸如序列號，長度，核苷酸/氨基酸含量等信息，也可以自動繪製描述性圖表。 R生物傳感器解決方案或BioPerl模塊也可以，但我找不到任何東西。你能幫我嗎？非常感謝:-)

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快速評估文件

我試圖正常化的使用R.然而，其中一些看起來Affymetrix公司CEL文件大的量被截斷，這樣當讀取它們時，我得到的錯誤 Cel file xxx does not seem to have the correct dimensions 正常化停止。手動刪除損壞的文件並每次重新啓動都需要很長時間。你知道是否有一個快速的方式（在R或工具）來檢測損壞的文件？ PS我99.99％地肯定我是從同一平臺

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繪製從直角座標系的彩色球在PyMOL的

我一直在尋找在維基如何對珠以下信息轉換，笛卡爾座標+能量： 23.4 54.6 12.3 54.5 -123.5 9.45 23.1 .... -56.7 ... 在pymol中繪製，其中包含每個原子的半徑爲R的球體，以其座標爲中心，顏色爲彩虹梯度。感謝

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請仔細閱讀代碼：在JTree中顯示30000+條款的XML文件的Java程序

我正在尋找一份工作，並且我採訪過的一家公司要求我編寫一個小測試程序，以便他們可以測試我的編程能力。我是一名培訓生物學家，我的大部分編程知識都是通過自動生物識別手段獲得的。我也更喜歡用Python編寫Java。這是他們給我的簡要介紹：編寫Java程序，使用和XML文件GO-方面（可下載的archive.geneontology.org/latest-full/go_200911-termdb.o