帶圓點的旋轉子圖形

Question

我試圖用graphviz來表示一個雙向圖形結構。假設我有3個節點A，B,C，對應於DNA片段。我想要表示每個節點內部的一些結構，而且還要表示節點之間的關係，我們假設它是A+ -> B- -> C+。也就是說，A中的正鏈在B之後是負鏈，然後是在C中的正鏈。我能想出的最好的是：

digraph G { 
    subgraph cluster_A { 
    Aa0 -> Ab0 
    Ab1 -> Aa1 
    {rank=same; Aa0 Aa1} 
    {rank=same; Ab0 Ab1} 
    } 
    subgraph cluster_B { 
    Ba0 -> Bb0 
    Bb1 -> Ba1 
    {rank=same; Ba0 Ba1} 
    {rank=same; Bb0 Bb1} 
    } 
    subgraph cluster_C { 
    Ca0 -> Cb0 
    Cb1 -> Ca1 
    {rank=same; Ca0 Ca1} 
    {rank=same; Cb0 Cb1} 
    } 
    Ab0 -> Bb1 
    Bb0 -> Ab1 
    Ba1 -> Ca0 
    Ca1 -> Ba0 
} 

這裏，a/b標籤對應5'/3'結束，並0/1標籤對應於正/負鏈。我得到的是：

我的主要問題是：是否有可能告訴dot自由旋轉單個子圖，同時保持它們的內部結構是否完整？在這個例子中，我希望B可以上下顛倒。如果這是不可能的，是否有任何黑客可以做到這一點？像引入隱藏節點一樣，在節點/邊上放置權重？我不熟悉graphviz/dot，我不知道它能做什麼。

爲了澄清，我想在每個羣集（除5'和3'兩端之外）中表示更多結構，並且該結構在羣集內應該一致。但我並不知道每個集羣的最佳方向，我想讓dot來計算。

Answer 1

出場順序

digraph G { 
    subgraph cluster_A { 
    Aa0 -> Ab0 
    Ab1 -> Aa1 
    {rank=same; Aa0 Aa1} 
    {rank=same; Ab0 Ab1} 
    } 
    subgraph cluster_B { 
    Bb1 -> Ba1 
    Ba0 -> Bb0 
    {rank=same; Ba0 Ba1} 
    {rank=same; Bb0 Bb1} 
    } 
    subgraph cluster_C { 
    Ca0 -> Cb0 
    Cb1 -> Ca1 
    {rank=same; Ca0 Ca1} 
    {rank=same; Cb0 Cb1} 
    } 
    Ab0 -> Bb1 
    Bb0 -> Ab1 
    Ba1 -> Ca0 
    Ca1 -> Ba0 
}