在Python使用R選擇功能使用rpy2

-1

我試圖隱蔽UniProt登錄號使用Bioconductor的包org.Hs.eg.db（這是一個S4對象）的Entrez的ID。我也試圖用rpy2作爲Python腳本的一部分。調用select函數會導致錯誤。下面的代碼（該計劃是400線，我摘錄了相關的東西）：在Python使用R選擇功能使用rpy2

from rpy2.robjects.packages import importr 
from rpy2.robjects import StrVector, DataFrame, r 

# get UniProt accension numbers from first two columns of data 
uniprotA = [] 
uniprotB = [] 
for row in interactions: 
    uniprotA.append(row[0][10:]) 
    uniprotB.append(row[1][10:]) 
# convert to vectors in r 
uniprotA = StrVector(uniprotA) 
uniprotB = StrVector(uniprotB) 

homosap = importr('org.Hs.eg.db') 

geneidA = r.select(homosap, keys = uniprotA, columns = "ENTREZID", keytype="UNIPROT")

而且這裏的錯誤信息：

Traceback (most recent call last): 
    File "mitab_preprocess.py", line 356, in <module> 
    reformat_data(interactions) 
    File "mitab_preprocess.py", line 140, in reformat_data 
    geneidA = r.select(homosap, keys = uniprotA, columns = "ENTREZID", keytype="UNIPROT") 
    File "//anaconda/lib/python2.7/site-packages/rpy2/robjects/functions.py", line 178, in __call__ 
    return super(SignatureTranslatedFunction, self).__call__(*args, **kwargs) 
    File "//anaconda/lib/python2.7/site-packages/rpy2/robjects/functions.py", line 102, in __call__ 
    new_args = [conversion.py2ri(a) for a in args] 
    File "//anaconda/lib/python2.7/site-packages/singledispatch.py", line 210, in wrapper 
    return dispatch(args[0].__class__)(*args, **kw) 
    File "//anaconda/lib/python2.7/site-packages/rpy2/robjects/conversion.py", line 60, in _py2ri 
    raise NotImplementedError("Conversion 'py2ri' not defined for objects of type '%s'" % str(type(obj))) 
NotImplementedError: Conversion 'py2ri' not defined for objects of type '<class 'rpy2.robjects.packages.InstalledSTPackage'>'

來源

2015-10-16 hannah

homosap爲R包暴露爲Python的命名空間。

我認爲你想使用的這個名稱空間作爲參數，而不是命名空間。

這應該是homosap.org_Hs_eg_db（我猜，我沒試過）。進口的R包中添加的所有符號時

.沒有爲Python變量名語法上有效的象徵，因此被rpy2
翻譯爲_：

有在這裏玩很多東西到搜索路徑。如果來自Python，這有點像from <package> import *。 rpy2的importr正在返回一個名稱空間，其中包的符號將作爲屬性公開。

來源

2015-10-16 18:19:09 lgautier

我認爲你是對的。改變這種代碼行：「geneidA = r.select（org.Hs.eg.db，鍵= uniprotA，列= 」ENTREZID「，關鍵字類型=」 UNIPROT 「）」，我現在得到的錯誤：文件「 mitab_preprocess.py 「線路346，在 reformat_data（相互作用）文件」mitab_preprocess.py「，管線138，在reformat_data geneidA = r.select（org.Hs.eg.db，鍵= uniprotA，列=」 ENTREZID」的KeyType =‘UNIPROT’） NameError：全局名稱‘組織’沒有定義 – hannah

不不不。你的Python命名空間被稱爲'homosap'。您可能需要傳遞一個像「homosap」的參數。 '。 – lgautier

在Python使用R選擇功能使用rpy2

回答

相關問題