通過Python在黃土功能rpy2/R問題？

我試圖通過Rpy2 Python中調用R函數loess這個數據文件：http://filebin.ca/azuz9Piv0z8/test.data 通過Python在黃土功能rpy2/R問題？

它的工作原理，當我使用的數據（第1000點），但一個子集，當我嘗試使用整個文件，我收到一個錯誤。我的代碼：

import pandas 
from rpy2.robjects import r 
import rpy2.robjects as robjects 
data = pandas.read_table(os.path.expanduser("~/test2.data"), sep="\t").values 
small_data = data[0:1000, :] 
print "small data loess:" 
a, b = robjects.FloatVector(list(small_data[:, 0])), \ 
     robjects.FloatVector(list(small_data[:, 1])) 
df = robjects.DataFrame({"a": a, "b": b}) 
loess_fit = r.loess("b ~ a", data=df) 
print loess_fit 

print "large data loess:" 
a, b = robjects.FloatVector(list(data[:, 0])), \ 
     robjects.FloatVector(list(data[:, 1])) 
df = robjects.DataFrame({"a": a, "b": b}) 
loess_fit = r.loess("b ~ a", data=df) 
print loess_fit

配件上small_data作品，但不data。我收到錯誤：

Error in simpleLoess(y, x, w, span, degree, parametric, drop.square, normalize, : 
    NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 1) 
    loess_fit = r.loess("b ~ a", data=df) 
    File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/rpy2-2.3.3-py2.7-linux-x86_64.egg/rpy2/robjects/functions.py", line 86, in __call__ 
    return super(SignatureTranslatedFunction, self).__call__(*args, **kwargs) 
    File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/rpy2-2.3.3-py2.7-linux-x86_64.egg/rpy2/robjects/functions.py", line 35, in __call__ 
    res = super(Function, self).__call__(*new_args, **new_kwargs) 
rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in simpleLoess(y, x, w, span, degree, parametric, drop.square, normalize, : 
    NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 1)

這怎麼解決？我不確定這是R函數loess還是與Rpy2接口有關的問題？謝謝。

來源

2013-03-21 user248237dfsf

的問題是在你的數據-Inf值：

DF <- read.table('http://filebin.ca/azuz9Piv0z8/test.data') 
DF[!is.finite(DF[,1]) | !is.finite(DF[,2]),] 
#  V1 V2 
# 5952 -Inf -Inf

來源

2013-03-21 20:58:15 Roland

謝謝！只是注意到它 - 奇怪，因爲我在'pandas'之前做了'dropna（）'。有沒有辦法使「黃土」適合NA值，或者我應該預先將它們移除 – user248237dfsf 2013-03-21 21:00:15

「Inf」與「NA」不同。「黃土」對後者處理得很好（參見它的'na.action'參數）。你可以使用DF [！is.finite（DF [，1]）|）！is.finite（DF [，2]），] < - NA'。 – Roland 2013-03-21 21:03:07

'inf'和'-inf'不被認爲是熊貓的缺失值，參見：http://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/missing_data.html，所以'dropna（）'不會有任何影響。 – herrfz 2013-03-21 21:04:25

爲什麼叫R，當你可以使用statsmodels package in Python for lowess smoothing？

lowess還有一個Bio.Statistics軟件包，但它看起來並沒有那麼準確，我無法得到它的收斂性爲this lowess example。

來源

2013-07-10 16:22:03 ksed

值得注意的是，OP使用的是LOESS，而不是LOWESS。它們不是同一件事。 LOESS遲些來了，是一個更靈活的概括。（你可以認爲LOESS是一個多變量的LOWESS，但這是一個過分簡單化。）statsmodels有LOWESS，但不是LOESS。（所有這一切，所提供的例子看起來使用一個單變量模型，可以與LOWESS等效完成。） – Owen 2015-01-15 22:49:40

通過Python在黃土功能rpy2/R問題？

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