語法rpy2 base.with功能

Question

我試圖找出rpy2用於繪製一些圖表。我希望能夠與功能的的r基地的一部分，像它用它下列R-代碼中使用：

with(res, plot(log2FoldChange, -log10(pvalue), pch=20, main="Volcano plot", xlim=c(-2.5,2))) 
with(subset(res, padj<.05), points(log2FoldChange, -log10(pvalue), pch=20, col="red")) 

其中RES是一個數據幀和log2FoldChange和P值是從該數據幀列。

當我使用rpy2的importr導入基礎包，我可以看到，「用」是對象做：

from rpy2.robjects.packages import importr 
base = importr('base') 
dir(base) 

不過，我似乎無法找出正確的語法：

from rpy2.robjects.packages import importr 
from rpy2 import robjects 
base = importr('base') 
base.with(res, robjects.r.plot(log2FoldChange, padj)) 

    File "<stdin>", line 1 
    base.with(res, robjects.r.plot(log2FoldChange, padj)) 
      ^
SyntaxError: invalid syntax 

不幸的是，在尋找的東西像「base.with」已被證明難以解決。我的問題是：在rpy2 python代碼中使用'base.with'的語法是什麼？

另外，在使用「與」是至多r前進的方法來這樣做，也許有一個更rpy2友好的方式來，我是不知道這個同樣的問題。

Answer 1

的Python可能會得到有自己的with()命令，它需要一個空間後馬上發生衝突。這是與另一種語言接口的挑戰。

嘗試在圍繞robjects功能包裹ř語法本地運行的命令。下面我將Python對象傳遞給R的全局環境作用域。

import rpy2.robjects as ro 

ro.globalenv['res'] = res_frompy 
ro.globalenv['log2FoldChang'] = log2FoldChang_frompy 
ro.globalenv['padj'] = padj_frompy 

ro.r('with(res, plot(log2FoldChange, padj))')