如何rpy2「與」操作使用R

我做一個有序Logistic迴歸，並在此之後的指南分析：R Data Analysis Examples: Ordinal Logistic Regression 如何rpy2「與」操作使用R

我的數據框（諮詢）看起來像：

  n raingarden es_score consult_case 
garden_id          
27436  7   0   3    0 
27437  1   0   0    1 
27439  1   1   1    1 
37253  1   0   3    0 
37256  3   0   0    0

我在哪裏需要創建圖表來測試比例優勢假設的一部分，與在R中的命令如下：

(s <- with(dat, summary(es_score ~ n + raingarden + consult_case, fun=sf)))

（es_score是一個序排列得分與值s在0 - 4之間; n是整數; raingarden和consult_case，或0的二進制值1）

我有SF功能：

sf <- function(y) { 
    c('Y>=1' = qlogis(mean(y >= 1)), 
     'Y>=2' = qlogis(mean(y >= 2)), 
     'Y>=3' = qlogis(mean(y >= 3))) 
}

在utils.r文件，我訪問如下：

from rpy2.robjects.packages import STAP 
with open('/file_path/utils.r', 'r') as f: 
    string = f.read() 
sf = STAP(string, "sf")

而想要沿着這樣的方向行事：

R = ro.r 
R.with(work_case_control, R.summary(formula, fun=sf))

主要問題是R with運營商被視爲一個python關鍵字，所以即使我用ro.r.with訪問它，它仍然被認爲是一個python關鍵字。（作爲一個方面說明：我試圖使用的r apply方法來代替，卻得到了一個錯誤，TypeError: 'SignatureTranslatedAnonymousPackage' object is not callable ...我認爲這是指我的功能sf？）

我也使用rpy2將R分配方法如下嘗試：

R('sf = function(y) { c(\'Y>=1\' = qlogis(mean(y >= 1)), \'Y>=2\' = qlogis(mean(y >= 2)), \'Y>=3\' = qlogis(mean(y >= 3)))}') 

R('s <- with({0}, summary(es_score~raingarden + consult_case, fun=sf)'.format(consult))

但跑進在數據幀列名以某種方式導致錯誤的問題：RRuntimeError: Error in (function (file = "", n = NULL, text = NULL, prompt = "?", keep.source = getOption("keep.source"), : <text>:1:19: unexpected symbol 1: s <- with( n raingarden

我當然可以做到這一切在R，但我有一個Python非常複雜的ETL腳本，因此會傾向於使用rpy2將所有內容保存在python中（我嘗試過使用mord進行scipy-learn來運行我的調用，但它非常原始）。

任何建議現在是最受歡迎的。

編輯

我嘗試了各種組合@芭菲的建議，出線fun說法是語法不正確，因爲每PyCharm解釋（見圖片與最終紅色高亮顯示）： ...它不使用功能時，但我得到的錯誤TypeError: 'SignatureTranslatedAnonymousPackage' object is not callable：不管預選賽是什麼，或者，我總是得到一個錯誤是SyntaxError: keyword can't be an expression.

在另一方面，沒有資格，也沒有語法錯誤0作爲獲得：

from rpy2.robjects.packages import STAP with open('/Users/gregsilverman/development/python/rest_api/rest_api/scripts/utils.r', 'r') as f: string = f.read() sf = STAP(string, "sf")

考慮到這一點，我中的R創建的包與所述功能sf，進口它，並嘗試了各種連擊與唯一的一個不產生錯誤，是：print(base._with(consult_case_control, R.summary(formula, fun=gms.sf)))（GMS是在RI中對該軟件包的引用）。

輸出，雖然沒有任何意義：

Length Class Mode 3 formula call

我期待一個表ALA在加州大學洛杉磯分校的網站之一。有趣。我將嘗試在R中重新創建我的分析，僅僅是爲了它。我仍然想在Python中完成它。

來源

2017-02-09 horcle_buzz

考慮包圍的with電話，一定要符合所有參數，包括樂趣：

ro.r['with'](work_case_control, ro.r.summary(formula, ro.r.summary.fun=sf))

另外，進口的r基本包。並避免與Python的命名方法with()翻譯將R名稱衝突：

from rpy2.robjects.packages import importr 

base = importr('base', robject_translations={'with': '_with'}) 

base._with(work_case_control, ro.r.summary(formula, ro.r.summary.fun=sf))

而且一定要正確地創建您的公式。考慮使用R的統計軟件包'as.formula從字符串構建。由於命名衝突，請注意另一個翻譯：

stats = importr('stats', robject_translations={'format_perc': '_format_perc'}) 

formula = stats.as_formula('es_score ~ n + raingarden + consult_case')

來源

2017-02-09 02:57:54 Parfait

感謝您提供這些提示。我認爲必須有一種方法來使用這樣的關鍵字，儘管我更喜歡其他解決方案。我確實嘗試了這些，並且在合格的'fun'參數中出現錯誤：'SyntaxError：keyword不能是表達式。' 這可能需要一些實驗，所以我會玩弄這個。 –

*摘要*包是什麼？如果使用基本R，則嘗試使用基本對象而不是「ro.r」來限定函數和* fun * arg。 – Parfait

我不認爲'樂趣'需要一個限定符。在PyCharm中，任何限定符都會拋出突出顯示的紅色語法錯誤，而沒有限定符顏色'fun'語法正確爲紫色（我將在此處附加圖像，但不能在註釋中）。因此，我相信這個語句應該是這樣的：'base._with（work_case_control，R.summary（formula，fun = sf））'...我相信我現在得到的錯誤：'NotImplementedError：Conversion' py2ri'沒有爲類型'''的對象定義，指的是我在R中實現'sf'函數。 –

如何rpy2「與」操作使用R

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