h5py安裝

Possible Duplicate:
Installing h5py on OS X h5py安裝

後給出的錯誤，我試圖讓h5py在我的OS X獅子10.7.3的MacBook Pro工作。它已經工作過，但不知何故它已卸載，我不能再安裝它。它似乎與安裝XCode 4.3有關，但我不確定。

當導入h5py，我得到以下錯誤：

>>> import h5py 


    Traceback (most recent call last): 

    File "<stdin>", line 1, in <module> 
    File "/Library/Python/2.7/site-packages/h5py/__init__.py", line 1, in <module> 
    from h5py import _errors 
ImportError: dlopen(/Library/Python/2.7/site-packages/h5py/_errors.so, 2): Symbol not found: _H5E_ALREADYEXISTS_g 
    Referenced from: /Library/Python/2.7/site-packages/h5py/_errors.so 
    Expected in: flat namespace 
in /Library/Python/2.7/site-packages/h5py/_errors.so

我想這事做與HDF5庫。它還沒有安裝，所以我安裝它首先使用

brew install hdf5

這沒有給出任何錯誤。但最後的警告如下。我的猜測是很重要的：

ld: warning: ignoring file ../hdf5-1.8.8/hdf5/lib/libhdf5.a, 
file was built for archive which is not the architecture being linked (i386)

我不是100％肯定這是什麼意思，但我想這個庫被編譯爲i386架構，不過有此目錄中多個文件不抱怨：

libhdf5.la 
libhdf5.dylib -> libhdf5.7.dylib 
libhdf5.7.dylib 
libhdf5.settings 
libhdf5.a 
libhdf5_hl.la 
libhdf5_hl.dylib -> libhdf5_hl.7.dylib 
libhdf5_hl.a 
libhdf5_hl.7.dylib

後來我也自己編譯了源碼，從HDF5組網站（http://www.hdfgroup.org/HDF5/）下載。使用下面的配置線，以確保它使共享庫我加--enable-共享和殘疾人FORTRAN：

./configure --with-zlib=/usr/local --disable-fortran 
--prefix=/usr/local/ --target=x86_64-apple-darwin 
-build=x86_64-apple-darwin --host=x86_64-apple-darwin 
--enable-shared --disable-production

我同時取出h5py和HDF5庫並重新安裝他們幾次（包括編譯h5py自己，因爲使用pip和easy_install），但這似乎沒有幫助。

我也裝h5py使用我只是用這個命令所做的構建：

python setup.py build --hdf5=../hdf5-1.8.8/hdf5

我也更新了我的numpy的和SciPy的安裝到最新版本。

來源

2012-03-26 Gilles

從一個乾淨的安裝Mac OS X Lion的，什麼我必須做的是以下幾點：

使用命令行工具安裝的Xcode
安裝自制
告訴家釀其中Xcode是（xcode-select ...）

然後我可以：

$ brew install hdf5

它沒有正確鏈接，因爲我的/usr/local/lib不可寫。檢查brew doctor，看看是否有任何無關聯包：

$ brew doctor 
Warning: You have unlinked kegs in your Cellar 
Leaving kegs unlinked can lead to build-trouble and cause brews that depend on 
those kegs to fail to run properly once built. 

    hdf5 
    szip

所以我做了目錄可寫和使用

$ brew link hdf5 
$ brew link szip

然後，我可以做

$ sudo pip install h5py

而且急。

>>> import h5py 
>>>

來源

2012-03-26 14:25:59 noio

回答

相關問題