如何使用h5py

我有具有3點矩陣A，B，C.如何使用h5py

其實我使用scipy.io到如下導入此墊文件.MAT文件導入.MAT-7.3版文件。

data = sio.loadmat('/data.mat') 
A = data['A'] 
B = data['B'] 
C = data['C']

但是，v7.3文件不能使用這種方式導入。所以，我試圖導入使用h5py，但我不知道如何使用h5py。我的代碼如下。

f = h5py.File('/data.mat', 'r') 
A = f.get('/A') 
A = np.array('A')

哪部分是錯誤的？謝謝！

來源

2017-09-04 Tom

我們在之前的SO問題中探討了這一點。但與此同時，探索文件的數據結構。看看'f.keys（）'（在py3中添加'list（...）'）。您可能需要完成多個層次。另請閱讀使用'h5py'的基礎知識。 – hpaulj

從側邊欄：https://stackoverflow.com/questions/19310808/how-to-read-a-v7-3-mat-file-via-h5py?rq=1和https://stackoverflow.com/questions/27670149 /讀MATLAB的v7-3文件 - 進入 - 蟒一覽的-numpy的陣列-通h5py – hpaulj

在八度

>> A = [1,2,3;4,5,6]; 
>> B = [1,2,3,4]; 
>> save -hdf5 abc.h5 A B

在IPython中

In [138]: import h5py 
In [139]: f = h5py.File('abc.h5') 
In [140]: list(f.keys()) 
Out[140]: ['A', 'B'] 
In [141]: list(f['A'].keys()) 
Out[141]: ['type', 'value'] 
In [142]: f['A']['value'] 
Out[142]: <HDF5 dataset "value": shape (3, 2), type "<f8"> 
In [143]: A = f['A']['value'][:] 
In [144]: A 
Out[144]: 
array([[ 1., 4.], 
     [ 2., 5.], 
     [ 3., 6.]])

參見鏈接的側欄。

基本上它是尋找所需的數據集，然後加載它作爲http://docs.h5py.org/en/latest/high/dataset.html#reading-writing-data

https://pypi.python.org/pypi/hdf5storage/0.1.14描述的問題 - 該包裝具有MATLAB MAT v7.3 file support。我還沒有用過它。

In [550]: import hdf5storage 
In [560]: bar = hdf5storage.read(filename='abc.h5') 
In [561]: bar 
Out[561]: 
array([ ([(b'matrix', [[ 1., 4.], [ 2., 5.], [ 3., 6.]])], [(b'matrix', [[ 1.], [ 2.], [ 3.], [ 4.]])])], 
     dtype=[('A', [('type', 'S7'), ('value', '<f8', (3, 2))], (1,)), ('B', [('type', 'S7'), ('value', '<f8', (4, 1))], (1,))])

所以該文件已被加載爲結構數組，形狀（1）和2個字段， 'A' 和 'B'（2個變量名稱）。每個都有一個「類型」和「值」字段。

In [565]: bar['A']['value'] 
Out[565]: 
array([[[[ 1., 4.], 
     [ 2., 5.], 
     [ 3., 6.]]]])

或者使用其loadmat：

In [570]: out = hdf5storage.loadmat('abc.h5',appendmat=False) 
In [571]: out 
Out[571]: 
{'A': array([(b'matrix', [[ 1., 4.], [ 2., 5.], [ 3., 6.]])], 
     dtype=[('type', 'S7'), ('value', '<f8', (3, 2))]), 
'B': array([(b'matrix', [[ 1.], [ 2.], [ 3.], [ 4.]])], 
     dtype=[('type', 'S7'), ('value', '<f8', (4, 1))])}

out是一本字典：

In [572]: out['B']['value'] 
Out[572]: 
array([[[ 1.], 
     [ 2.], 
     [ 3.], 
     [ 4.]]])

用於讀取簡單的MATLAB文件，這並不會增加太多。它可能會增加更多細胞或結構。但是爲了編寫一個MATLAB兼容文件，它應該是一個很大的幫助（儘管寫作可以堅持scipy.io.savemat）。

來源

2017-09-04 23:32:59 hpaulj

如何使用h5py

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