HDF5中的XML文件，h5py

我正在使用h5py來保存數據（浮點數），以組爲單位。除了數據本身之外，我還需要在hdf5中包含一個額外的文件（一個.xml文件，其中包含必要的信息）。我該怎麼做呢？我的方法錯了嗎？HDF5中的XML文件，h5py

f = h5py.File('filename.h5') 
f.create_dataset('/data/1',numpy_array_1) 
f.create_dataset('/data/2',numpy_array_2) 
. 
.

我H5樹應該這樣看：

/ 
/data 
/data/1 (numpy_array_1) 
/data/2 (numpy_array_2) 
. 
. 
/morphology.xml (?)

來源

2011-12-13 chaitu

什麼是XML文件？你以後如何使用它的信息？ – 2011-12-13 18:38:31

一種選擇是將其添加爲可變長度的字符串數據集。

http://code.google.com/p/h5py/wiki/HowTo#Variable-length_strings

例如爲：

import h5py 
xmldata = """<xml> 
<something> 
    <else>Text</else> 
</something> 
</xml> 
""" 

# Write the xml file... 
f = h5py.File('test.hdf5', 'w') 
str_type = h5py.new_vlen(str) 
ds = f.create_dataset('something.xml', shape=(1,), dtype=str_type) 
ds[:] = xmldata 
f.close() 

# Read the xml file back... 
f = h5py.File('test.hdf5', 'r') 
print f['something.xml'][0]

來源

2011-12-13 20:55:15

謝謝，像魅力一樣工作！ :) – chaitu 2011-12-14 04:36:01

如果你只需要在XML文件附加到HDF5文件，你可以將其添加爲到HDF5文件的屬性。

xmlfh = open('morphology.xml', 'rb') 
h5f.attrs['xml'] = xmlfh.read()

您可以訪問XML文件，然後像這樣：

h5f.attrs['xml']

通知，也可以不存儲屬性大於64K，您可能需要安裝前將文件壓縮。你可以看看在標準的Python庫中壓縮庫。

但是，這不會使XML文件中的信息非常容易訪問。如果要將每個數據集的元數據與XML文件中的某些元數據相關聯，則可以根據需要使用XML庫（如lxml）將其映射。您還可以將XML數據的每個字段作爲單獨的屬性添加，以便您可以通過XML字段查詢數據集，這完全取決於您在XML文件中的內容。試着想想以後如何檢索數據。

您可能還希望爲每個xml文件及其數據集創建組，並將其放在一個hdf5文件中。我不知道你管理的文件有多大，YMMV。

來源

2011-12-13 19:20:31

HDF5中的XML文件，h5py

回答

相關問題