R：分析混合效應模型中的趨勢

我有一個變量yi，代表了一系列不同研究（Site）隨時間推移的治療效果nyears。還有兩個分組因子，分別爲兩個級別：N（Nhigh/Nlow）和Myc（AM/ECM）。我需要知道yi隨着時間的推移nyears顯示了顯着的正向還是負向趨勢，並且如果趨勢在子組N x Myc之間變化。R：分析混合效應模型中的趨勢

混合效應模型顯示顯著三重互動nyears * N * Myc

library(lme4) 
library(car)  
> mod <- lmer(yi ~ N*Myc*nyears + (1|Site), data = df) 
> Anova(mod) 
    Analysis of Deviance Table (Type II Wald chisquare tests) 

    Response: yi 
        Chisq Df Pr(>Chisq) 
    N    0.7468 1 0.387489 
    Myc   0.0875 1 0.767403 
    nyears  1.1217 1 0.289559 
    N:Myc   0.5428 1 0.461272 
    N:nyears  2.2371 1 0.134733 
    Myc:nyears 0.6318 1 0.426691 
    N:Myc:nyears 10.8108 1 0.001009 **

我怎麼能現在發現斜率和意義對4個亞組的標誌？

由於

來源

2015-10-16 fede_luppi

斜率的值（上nyears，是嗎？）由

nyears 
nyears + N:nyears 
nyears + Myc:nyears 
nyears + Myc:nyears + N:Myc:nyears

四個各組給定的。（是否N和Myc數字0/1？他們不喜歡看的因素，由輸出判斷。如果不是0/1的重新編碼。）

對於斜坡的顯着性檢驗，或者使用linearHypothesis在CAR包;或者你可以使用例如waldtest in package lmtest;或者重寫你的模型，以便nyears是四組中每一組的感興趣係數。（例如，設置Myc等於1減去其舊的值，如果這是一個0/1 dummie。）

來源

2015-10-16 11:23:50 dash2

感謝您的回答。 'N'和'Myc'分別是兩個等級（Nlow/Nhigh和AM/ECM）的因子。我會詳細分析你的建議，看看我能找到什麼。謝謝 –

您能否指定使用'LinearHypothesis'來測試子羣趨勢的公式？我很困惑。謝謝 –

類似於'LinearHypothesis（model，「nyears + N：nyears = 0」）'，不是？ – dash2

我會使用nlme包譯碼所述混合效應模型，然後檢查使用summary的輸出。這將報告斜率，符號和p值。

require(nlme) 
m1<- lme(yi ~ N*Myc*nyears, random= ~1|Site, data=df) 
summary(m1)

來源

2015-10-16 11:44:44 colin

感謝科林，這是第一位的作品，但我如何運行一些短暫的事後測試，以找出4個子組中的哪一個'nyears'顯着不同於0以及子組中斜率的符號？ –

R：分析混合效應模型中的趨勢

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