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在由SLURM管理的集羣上，我想檢查當前用戶（和集羣）的隊列。通常情況下，我必須使用這個命令： squeue --user=username --clusters=clustername 這樣做的問題，除了事實，這是一個相當長的命令經常使用，是它需要的用戶名。我創建了一個腳本，在這個腳本中，我希望檢查用戶的隊列，但我必須先獲取用戶名。我對所有這些解決方法，但是這將是巨大的，如果我可以使用如下

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SciPy無法通過pip安裝

我嘗試在SLURM環境中使用pip安裝SciPy。 NumPy和其他一些python模塊已經安裝並正常工作。然而，當我運行： pip2.7 install --user --use-wheel scipy 或 pip2.7 install --user scipy 我總是得到文字的一堵巨大結尾： error: Command "/sw/compiler/gcc-4.9.3/bin/gfortra

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結合xargs並行和mpirun

我有一個在計算集羣中運行的不平行（bash）腳本。腳本是一個shell腳本，並且鏈接到任何MPI庫的而不是：這意味着我可以將MPI級別發送給它的唯一方式是使用命令行參數。到目前爲止，我只有一個節點中執行它，解決方案很簡單： #!/bin/bash #SBATCH --nodes=1 N=16 seq $N | xargs -P $N -I% my_script.bash % $N 我

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Python的導入失敗（在SLURM環境）

假設文件結構（簡體）看起來是這樣的： > some_script.py > +extra_directory/ > ++ __init__.py > ++ extra_script.py 在我的Python文件some_script.py我有一些進口看起來像這樣： from extra_directory.extra_script import extra_class 這在我的桌面上

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處理SLURM中的文件列表

我是SLURM的新手。我想同時處理一長串文件。具體來說，我有一個腳本來處理像 ./process.sh filename 現在我要處理很多文件列表中的文件像一個單一的 file1 file2 file3 ... file10000 如何並行處理文件列表（也就是，使用16個CPU）使用SLURM？

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C庫函數退出（）與羣集上的SLURM

我有一個簡單的使用exit（）的問題。上下文正在羣集上運行一個用於並行計算的程序，所以我們安裝了一個管理和監視所有進程的Slurm系統。問題現在，在我的程序中調用exit(1)時，SLURM似乎沒有註冊，並且CPU保持忙碌狀態，儘管程序已經終止，但仍無用地燒掉了我分配的CPU小時。所以我問題是：是什麼exit()什麼不同相比main()定期return 1？有沒有簡單的方法來解決我的退出

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Python的多重比對集羣本地運行速度更快（SLURM）

我有以下代碼 import multiprocessing as mp import os def funct(name): if nameisvalid: do_some_stuff_and_save_a_file return 1 else: return 0 num_proc = 20 #or a call to slurm/

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關於HPC上SLURM的問題

我有幾個關於HPC的問題。我有一個帶有串行和並行段的代碼。並行部分在不同的內存塊上工作，並且在某些時候它們可以相互通信。爲此，我在我們的集羣上使用了MPI。 SLURM是資源管理器。以下是集羣中節點的規格。規格的節點： Processor: 2x Intel Xeon E5-2690 (totally 16 cores 32 thread) Memory : 256 GB 1600MHz EC

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MPI程序僅在slurm腳本中執行一次

我已經嘗試使用MPI_Get_processor_name()和gethostname()來打印我已使用的所有節點。但它只返回第一個節點的名字！任何人都可以讓我知道什麼是問題，以及如何獲得所有節點的名稱？ //testMPI.c #include <mpi.h> #include <stdio.h> int main(int argc, char** argv) { MPI_I

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自動保存slurm作業信息

我正在尋找一種方法將sacct自動提供的作業信息自動保存到某個文件中。到目前爲止，我在作業批處理腳本中包含了一個sacct調用，但狀態總是「RUNNING」。有沒有辦法在工作結束/死亡後自動調用sacct ？我唯一想到的是提交第二份工作，然後調用sacct，但這顯然不是一個好選擇。