如何正確包含我的lmer的重複措施

Question

在我的研究中，我在多個地區對不同地區的相同網站進行了抽樣。每個網站每年都有不同的屬性，這對我的研究問題非常重要。我想知道，如果網站的屬性影響生物多樣性的網站。我對這些產品和地區的相互作用感興趣。

概述：

• 生物多樣性=響應
• 站點屬性=固定的因素，每年都在變化
• 地區=固定的因素，同樣每年區
• 網站=隨機效應，重複採樣在不同採樣年份
• 年=隨機效應，是「站點」重複的因子

此刻我的模型是這樣的：

mod1 <- lmer(biodiversity~region*siteProperty+(1|Year)+(1|site)) 

我不知道這佔了重複測量。 或者我在想這一塊，因爲它也包括多年站點的嵌套性，但也許這是沒有必要的：

mod2 <- lmer(biodiversity~region*siteProperty+(1|Year)+(1|Year:site)) 

這種方法的問題是，它只能如果我的網站屬性不爲零。但是我在不同的屬性中有零，我也需要分析它們的效果。

如果您需要更多信息，只需要問我。 感謝您的幫助！

Answer 1

你的第一個例子，

mod1 <- lmer(biodiversity~region*siteProperty+(1|Year)+(1|site)) 

應該罰款（雖然我會鼓勵你明確地使用data參數......）。如果你有「多年的」爲每個站點的樣品，你可能要考慮

• 包括趨勢模型（即包括Year，作爲數字變量，模型中的固定效應部分爲好，無論是作爲一個簡單的線性項或者作爲使用splines::ns
• 檢查/允許自相關的添加劑模型的一部分，例如（儘管這是棘手在lme4;可以使用lme，但隨後越過Year和site隨機效應變得更難） 。

如果每個站點/年份組合有一個樣本，那麼不需要想要(1|Site:year)，因爲那將與剩餘可變性項相同。

你的陳述「只適用於我的網站屬性不爲零」對我沒有意義：一般來說，在預測變量中有零應該不會引起任何問題......？