艾倫大腦研究所 - 大腦天文臺示例

我試圖按照brain observatory ipython notebook的示例。艾倫大腦研究所 - 大腦天文臺示例

但是，我被卡住加載下面的nwb文件。

from allensdk.core.brain_observatory_cache import BrainObservatoryCache 
boc = BrainObservatoryCache(manifest_file='boc/manifest.json') 

data_set = boc.get_ophys_experiment_data(501940850) # problem here

因此，我打開nwb文件HDFview。

所有的大腦天文臺nwb文件都沒有打開，除了502376461.nwb。

當我試圖在allen的ipython筆記本例子中打開502376461.nwb時，它工作正常！但其他人（501940850,503820068 ...）失敗如上。

來源

2016-08-23 Hyunsu Lee

它以什麼方式失敗？ –

錯誤消息，plz – Justas

IOError：無法打開文件（截斷文件：eof = 82280448，sblock-> base_addr = 0，stored_eoa = 204046519） –

從GitHub總結螺紋：

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/22

文件已部分下載的或以某種方式損壞。在下載過程中沒有報告任何異常，所以urllib一定沒有注意到問題。

AllenSDK開發人員正在研究某種文件一致性檢查和/或不同的HTTP庫。

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/28

如果別人遇到這種情況，您可以刪除錯誤的文件，並重新運行下載功能（BrainObservatoryCache.get_ophys_experiment_data）。文件被下載到BrainObservatoryCache manifest file的子目錄中，如果未指定，該目錄默認爲當前工作目錄。

來源

2016-09-06 21:20:50 davidf

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