Numpy，3d陣列的所有成對相關性

Question

我有一個形狀（l，m，n）的數組。我試圖計算形狀（l，m，n）的距離矩陣，其中entry（i，j，k）是向量（i，j，:)和（i，：，k）之間的係數。我沒有發現任何符合法案的numpy或scipy。

我嘗試使用for循環並沿着軸0進行迭代，然後將其饋送到scipy.spatial.distance.pdist，但由於pdist本身使用嵌套for循環需要很長時間。實質上，我想要做的是執行pdist向下的軸0，但理想情況下，它使得pdist不使用for循環。

任何想法？

Answer 1

我會親自寫一點Cython函數來做到這一點（http://cython.org）。編寫和測試迭代純Python版本（與環路），它移動到.pyx用Cython文件，添加類型聲明，並按照NumPy的集成指南：

http://docs.cython.org/src/tutorial/numpy.html

似乎是工作，但如果你」使用Python進行計算，一些基本的Cython技能非常值得培養，因爲它使編寫C擴展更容易。

Answer 2

有什麼想法？

1. 首先想到的是，你不能只要計算這樣的距離爲m！= N
2. 其次想到的是，的pdist內部循環不應該打擾你，如果這些都寫在C，所以可能的原因是不是在執行，但在需要
3. 最後的思考的計算量，你的問題可能是由numpy.einsum和線性代數來解決：

代碼（我假設是最佳）：

products = numpy.einsum('ijl, ilk -> ijk') 
distances = numpy.einsum('ijj -> ij', products) 
distances = distances[:, :, None] + distances[:, None, :] - 2 * product