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這是我graphNEL對象R:如何graphNEL對象轉換爲鄰接矩陣
>mergedPathways_d
A graphNEL graph with undirected edges
Number of Nodes = 41
Number of Edges = 102
我已經試過coerce
。它沒有解決。 它要求預先定義的矩陣及到因此未正常工作,我不得不NA在我的形容詞矩陣
我使用edgeL
試過條目。它沒有解決。 邊緣名單我得到了號碼爲邊緣和基因的不名稱。我不知道如何將基因映射到這些數字上。
我試圖使用igraph.from.graphNEL
然後使用as_adjacency_matrix
將它轉換爲igraph。它沒有解決。 我得到了一個dgCMatrix,而不是一個可訪問的行和列的正常矩陣,我無法將其轉換爲數據框。
所以現在鄰接矩陣(41 X 41)具有行ANS列與所述graphNEL物體41個基因名稱。或具有2列和102行的邊緣列表。一行上的每條邊。
任何幫助將不勝感激。它已經整天試圖從KEGG中提取數據,現在試圖將其操作爲所需的形式以供進一步應用。
謝謝!