的R - 構建鄰接矩陣基於其它鄰接矩陣

Question

我有類似於這兩個鄰接矩陣數據：

data1999 <- data.frame(node1=c("A", "A", "B", "D", "B", "C", "D"), 
        node2=c("A", "A", "D", "B", "B", "C", "D"), 
        link=c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1), 
        stringsAsFactors = FALSE) 

adj.m1999 <- reshape2::acast(data1999, node1 ~ node2) 

> adj.m1999 
    A B C D 
A 2 0 0 0 
B 0 1 0 1 
C 0 0 1 0 
D 0 1 0 1 


data2000 <- data.frame(node1=c("A", "A", "B", "C", "D", "C", "D"), 
        node2=c("A", "A", "B", "C", "D", "D", "C"), 
        link=c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1), 
        stringsAsFactors = FALSE) 

adj.m2000 <- reshape2::acast(data2000, node1 ~ node2) 

> adj.m2000 
    A B C D 
A 2 0 0 0 
B 0 1 0 0 
C 0 0 1 1 
D 0 0 1 1 

。注意，在1999年，節點d和B有一個鏈接。

請注意，在2000年，節點D和C有一個鏈接。

基於此信息，我想建立一個新的鄰接矩陣（與我在2000年數據的所有節點），其中BD和DB具有值1，而其餘具有零：

> result 
    A B C D 
A 0 0 0 0 
B 0 0 1 0 
C 0 1 0 0 
D 0 0 0 0 

在我的現實生活中，數據1999可以有額外的節點，在2000年不會返回，反之亦然。

任何想法？

Answer 1

在圖論中，兩個鄰接矩陣m1和m2的乘積在位置（i，j）給出了從i到j的路數，首先經過m1，然後經過m2。這是關係到你想要什麼，但不完全一樣的，如果我們這樣做adj.m1999 %*% adj.m2000，我們得到：

A B C D 
A 4 0 0 0 
B 0 1 1 1 
C 0 0 1 1 
D 0 1 1 1 

因此，舉例來說，你可以從C到d去的一種方式，這是C - > C，然後是C→D。 在你的例子中，你沒有考慮到對角線上的鏈接（或邊），也沒有定向你的圖，所以，如果我正確理解你想要的東西，你可以這樣做：

## First make sure that you have in adj.m1999 only nodes that appear in adj.m2000: 
adj.m1999 = adj.m1999[row.names(adj.m1999) %in% row.names(adj.m2000),colnames(adj.m1999) %in% colnames(adj.m2000)] 
## Then turn both diagonals into zeros: 
diag(adj.m1999) = 0 
diag(adj.m2000) = 0 
## Finally, get the sum of the two products 
res = adj.m1999 %*% adj.m2000 + adj.m2000 %*% adj.m1999 
    A B C D 
A 0 0 0 0 
B 0 0 1 0 
C 0 1 0 0 
D 0 0 0 0