igraph

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我有從幾個樹狀結構的圖像中提取的圖形。該圖對於每個關節點都有一個頂點，即使該點不是分支或結束點（即節點順序爲2）。我想刪除這些2階頂點，但保持連通性，以便通過這些中間體連接的分支點或結束頂點現在通過單個邊連接。我可以通過一次一個地去除頂點和連接邊來對小圖進行此操作，但在使用10,000個邊時這很慢。這是一個示例啓動圖。我想頂點8和6除去（例如），而插入連接9和4類似地邊緣，我想，同時插入的邊緣以

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使用iGraph中的ego函數生成連接節點列表，以通過函數進行解析

我在用R處理iGraph軟件包時遇到了一些麻煩。具體來說，當我試圖讓所有節點在2度分隔範圍內從給定的節點，然後使用該列表通過函數運行一些操作。我對R中的列表工作並不是非常有信心，更不用說iGraph.vs類。理想情況下，我想生成一個使用ego到第二度Listnode_test <- (ego(Graph1, 2, "accumsan"))的頂點列表。這返回Listnode_test。下面是輸出

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使用現有的R應用程序/軟件包可視化協作網絡結構

我試圖想象「合資企業」（即企業與產品中的其他人協作）的關係數據結構。例如，我公司可能會與j公司參與合資公司A，但我公司也會參與與j公司和k公司k的合資企業B，因此，公司i，j，k都共享某種合作模式，成員關係（{i，j}，{i，j，k}），但公司{i，j}之間的合作力度要強於{i，k}合資企業。我會在這些標誌性的網絡圖中想象這一點，但強調關係的強度因不同的二元組（企業）而異。我想到的一個相關示例是

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如何在繪製R中的圖形時增加邊的長度

有沒有辦法用較大的邊長來繪製r中的圖？我只是用庫（IGRAPH）圖（圖），做任何人知道爲什麼所有的邊緣有變長？ ** V1 V2 1 6 1 2 6 5 3 1 0 4 1 6 5 1 385 6 5 4 7 5 6 8 5 98 9 0 1 10 0 2 我有這種格式的數據，我正在生成一個網絡圖。

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如何使用Igraph描繪帶甜甜圈形頂點的網絡？

我想描述一個有Ring/Donut Shaped Vertices的網絡。我在Igraph文檔中沒有找到這樣的形狀，但是我找到了一個餡餅形狀。如下面的代碼： library(igraph) g <- make_ring(10) values <- lapply(1:10, function(x) sample(1:10,3)) if (interactive()) { plot(g

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讀取屬性信息R中的「.dot」文件

如何在.dot文件中讀取表示圖形的R文件幷包含屬性信息？我可以使用sna::read.dot在.dot文件中讀取。但是這只是返回一個沒有任何屬性標籤的鄰接矩陣，據我所知。使用igraph::write.graph，我可以用點格式編寫文件...但igraph::read.graph不允許點文件。

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根據數據幀中的共享屬性創建一個鄰接矩陣或列表

我有一個重複項目（行）的數據框，在某種意義上描述了彼此共享某些屬性的項目。我想以圖表的形式表達這種關係。 property node red A red B red C blue A blue D purple A purple B A, B和C將與彼此連接，因爲它們共享red屬性。 A和D將形成連接，因爲它們共享blue屬性。此外，A和B共享purple屬性。我們可以

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翻動igraph.vs到數據幀

所以我用all_shortest_paths得到一個輸出，它看起來像這樣： PathsE $res[[1]] + 4/990 vertices, named: [1] Sortilin GGA1 Ubiquitin PIMT $res[[2]] + 4/990 vertices, named: [1] Sortilin TrkA PLK1 PIMT $res[[3]]

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生成igraph佈局時修復y座標

我試圖用R程序包igraph生成樹狀圖。我開始與鄰接矩陣Y，看起來像這樣： Y <- matrix(c(1,1,1,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,0,0,1,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,1, 1,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0

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在GGRAPH包「對象‘方向’找不到」與樹狀

我嘗試繪圖與ggraph包樹狀圖，但它的確定與geom_edge_diagonal()但與geom_edge_elbow() 包 library(phyloseq) library(igraph) library(ggraph) 獲取數據文件ps.rds在這裏可用 https://github.com/spholmes/F1000_workflow/tree/master/data ps