在GGRAPH包「對象‘方向’找不到」與樹狀

我嘗試繪圖與ggraph包樹狀圖，但它的確定與geom_edge_diagonal()但與geom_edge_elbow()在GGRAPH包「對象‘方向’找不到」與樹狀

包

library(phyloseq) 
library(igraph) 
library(ggraph)

獲取數據

文件ps.rds在這裏可用

ps <- readRDS("ps.rds") 

EdgeList <- phy_tree(ps)$edge 
Tree <- graph_from_edgelist(EdgeList, directed = TRUE)

繪製

ggraph(Tree, 'dendrogram') + 
    geom_edge_diagonal()

此代碼的作品，但情節不是很美觀。

現在：

ggraph(Tree, 'dendrogram', circular = TRUE) + 
    geom_edge_elbow() 

Error in FUN(X[[i]], ...) : object 'direction' not found

所以我有一些問題：

爲什麼它不工作yhereas它適用於其他的樹狀圖？
什麼是方向？在包文檔中，據說方向是「自動設置的」https://www.rdocumentation.org/packages/ggraph/versions/0.1.1/topics/geom_edge_elbow
我可以在ps對象中找到一些有用的繪圖嗎？

F.Privé的評論後編輯

是的，它可以混合dendrogram和circular。

ggraph(Tree, 'dendrogram', circular = TRUE) + 
    geom_edge_diagonal()

2017-07-25 AntoineBic

當我在你的例子打球，我得到的錯誤「循環佈局只適用於樹和DAG佈局」。你確定你可以在'circular = TRUE'中使用'layout ='dendrogram''嗎？ –

對於一些原因，可能過於棘手，在這裏討論，geom_edge_elbow目前只支持dedrogram/hclust對象，而不是IGRAPH對象。

我可能已經找到一種方法周圍的下一個版本

2017-07-25 13:54:29 ThomasP85

好的，謝謝。我會等待下一個版本;） – AntoineBic

回答