h5py

7熱度

3回答

我有一些我在Python和Matlab之間共享的數據。我曾經這樣做過，通過將NumPy數組保存在MATLAB風格的.mat文件中，但希望切換到HDF5數據集。不過，我注意到一個有趣的特性：當我將一個NumPy數組保存在HDF5文件中（使用h5py），然後在Matlab中讀取（使用h5read）時，它最終被轉置。有什麼我失蹤？ Python代碼： import numpy as np import

0熱度

1回答

在Windows上安裝h5py失敗 - 可能是32 vs 64位的問題？

我只是將我的python安裝切換到可愛的Anaconda，並試圖獲取我經常安裝並使用的軟件包。不幸的是我有一些問題讓h5py工作 - 從h5py.org可用的Python 2.7安裝程序似乎不起作用。在第一個屏幕之後，彈出一條錯誤消息，說Python 2.7版是必需的，但在註冊表中找不到。 Python 2.7是我在這臺計算機上的唯一版本（特別是2.7.5，Anaconda 1.8.0（64位））

12熱度

5回答

如何通過h5py讀取v7.3 mat文件？

我有MATLAB創建並存儲在7.3版格式墊文件一個結構數組： struArray = struct('name', {'one', 'two', 'three'}, 'id', {1,2,3}, 'data', {[1:10], [3:9], [0]}) save('test.mat', 'struArray', '-v7.3') 現在我想用h5py讀通過

2熱度

1回答

使用h5py讀取HDF5文件時使用python slice對象？

我正在嘗試使用h5py模塊使用python slice對象訪問HDF5文件中的數據。我把這個例子放在一起，表明它可以與numpy數組一起使用，但不能和h5py一起使用。 import h5py import numpy as np slice_obj = [slice(None,3,None), slice(2,5,None)] test_array = np.ones((3,5))

0熱度

1回答

h5py，零星的書寫錯誤

我有一些浮點數存儲在一個大的（500K x 500K）矩陣。我通過使用可變大小的數組（根據某些特定的條件）將它們存儲在塊中。我有一個並行代碼（Python3.3和h5py），它生成數組並將它們放入共享隊列中，還有一個專用進程從隊列中彈出並將它們逐個寫入HDF5矩陣。它大約90％的時間按預期工作。偶爾，我寫了特定數組的錯誤。如果我多次運行它，故障陣列總是變化。下面的代碼： def writer

1熱度

2回答

如何在python中使用h5py讀取matlab數組

我有一個matlab數組> 2GB ... 我想用h5py讀取它。數據是一個簡單的3D雙數組。但我根本找不到線索在互聯網上。有人可以幫助我嗎？我只需要一個例子，它是如何完成的。 h5py文檔無法幫助我。

1熱度

1回答

numpy，h5py：如何使用h5py保存的更大的列中的某一列對數組進行排序？

我想給你一些背景信息，以便更好地理解我的問題。從一個實驗的結果中，我用h5py填充了一個很大的hdf5表。一旦完成所有測量，我需要繪製並擬合一些結果。這已經在工作，但是當我想要繪製擬合函數的時候，因爲我的數據沒有按照'x'軸數據列進行排序，而是一條線而不是一條線，第四行（我會展示給你，但我沒有足夠的聲望）。所以我的第一個想法是在繪圖和擬合之前對數組進行排序。我嘗試了幾條我在這裏找到的指南，但是

1熱度

1回答

subsample numpy數組？

我對numpy比較陌生，但已經開始使用它來讀寫h5文件。我有圖像數據，我計算了一些區域統計數據，將給定區域中的每個像素值讀入h5文件。但是，我有很多像素值（可能是數千萬），並且希望對這些數據進行二次採樣，以便我能夠減小數據大小，但保留數據的一般分佈。我想知道是否有一個簡單的方法來取樣每個數組的第200個值？我會提出我已經有的代碼，但我的代碼只能讀取我現有的數據 - 我完全卡在我如何子樣本，所以

8熱度

3回答

h5py：正確的方式切片陣列數據集

我有點此困惑：至於我也明白了，h5py的.value方法讀取整個數據集，它轉儲到一個數組，這是緩慢和鼓勵（並應在[()]被替換一般正確的方法是使用numpy的式的切片但是，我越來越刺激性結果（h5py 2.2.1）： import h5py import numpy as np >>> file = h5py.File("test.hdf5",'w') # Just fill a tes

1熱度

2回答

忽略/跳過numpy數組中的值？

我正在從h5文件讀取數據（像素值準確），並使用numpy將數據繪製在直方圖中。在我的像素值數組中，我的無數據值是99999（我的數據範圍是-40到20）。我根據手動設置的最小和最大值（分別爲-40和20）創建直方圖，以便無數據值不會顯示在我的直方圖中 - 這很好。但是，我想對我的數據擬合正態曲線，爲此我需要數據集的均值和標準差。當我使用numpy.mean和numpy.std生成這些數據時，它包含