circos

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我試圖在mac OSX 10.9上安裝libgd（https://mikewest.org/2007/04/installing-libgd-from-source-on-os-x）並在此處找到更多信息（Installing GD library for perl on MacOSX 10.6）。主要目標是能夠安裝和使用Circos。我按照所有安裝各種庫libpgn，主要利用./configu

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如何創建由另一個文件中的值定義的間隔文件 - 用於WGS數據的圓圈成像

我想用circos軟件描述我的寄生蟲的全基因組序列（WGS）數據。我想描述的一個要素是參考基因組的區域，對此我沒有來自寄生蟲的測序數據。我爲了做到這一點，我已經使用Samtools創建mpileup文件，從我所提取的位置處的序列深度= 0。因此，我有，看起來像這樣一個文件： $chromosome_name $chromosome_position $depth chr_1 1 0 chr

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'circos'風格情節與matplotlib？

有沒有人知道是否有方法使matplotlib python包或任何其他python庫製作circos-style地塊？他們不必像這個例子那樣好看。

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使用CircosJS如何鏈接佈局的div的

我有點新d3js，我試圖用這一個模塊：https://github.com/nicgirault/circosJS 我做什麼我堅持一個plunker：https://plnkr.co/edit/8Sn0quYr5teCv239W9k6?p=preview 我怎樣才能連接他們之間的月份？這裏是我的JS代碼： var myCircos = new Circos({ container: '

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具有精確位置的D3和絃圖

我想創建chord diagram in D3，但要指定間隔與精確位置的關係，如以下示例中的Circos：。有沒有辦法在D3中做到這一點？如果沒有，有沒有辦法做到這一點在任何其他javscript數據可視化庫？

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麻煩安裝字體:: TTF模塊

我未能通過cpan Font::TTF安裝模塊。我在草莓perl 5.24，windows 8 32bit。 C:\Users\user>cpan Loading internal null logger. Install Log::Log4perl for logging messages There seems to be running another CPAN process (p

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如何擺脫Circos中的直方圖網格

我正在使用Circos來繪製一些直方圖。我如何擺脫下面例子中的垂直網格？ example http://desmond.imageshack.us/Himg843/scaled.php?server=843&filename=21217092.png&res=medium

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在MacOSX上安裝perl的GD庫10.6

我一直在嘗試爲perl安裝GD庫，現在無濟於事。我已經嘗試了所有可以在互聯網上找到的東西，但都沒有。我試圖獲得需要GD包的Circos圖。當我試圖通過CPAN它給了我這個錯誤進行安裝： Running make test PERL_DL_NONLAZY=1 /usr/bin/perl/perl "-MExtUtils::Command::MM" "-e" "test_harness(0, 'b

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你好世界的例子嗎？

有人能爲我提供一個「你好世界」的例子嗎？（www.circos.ca）我知道有大量的壓縮文件提供的教程，但我學習的方式是採用最小配置，然後從中構建 - 而我找不到這個。那麼，有人能幫我嗎？

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如何解決Circos SVG放置文本不正確？

我有以下Circos圖，這是我呈現爲SVG文件，然後轉換爲PNG，爲了說明的目的：具有環繞外輪緣中的文本標籤正確地從12定向從9點到9點，朝外，遠離灰色的弧線。在9和12之間，文本標籤朝內，與灰色圓弧重疊。這不是預期的。這裏有一個特寫，澄清問題：如果我輸出PNG從Circos，而不是SVG，標籤正確地繪製，但後來我失去標記能力在Adobe Illustrator或Inkscape中使用矢量