有沒有人知道是否有方法使matplotlib
python包或任何其他python庫製作circos-style地塊?他們不必像這個例子那樣好看。'circos'風格情節與matplotlib?
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回答
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據我所知,這沒有直接的功能。如果我要創建此功能,我將使用polar plots作爲起點,然後創建一個transformation以將數據位置沿着圓軸轉換爲極座標。
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這是一個很好的提示。謝謝。 – dimka 2012-02-28 18:59:23
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Yann的想法很棒。而且,circus是由Perl和GD和其他模塊開發的,然後輸出SVG(或png)。如果你想創建新的輪轂的Python也可以做到這一點:)
據我所知,如果你想circos風格的圖像(圓形風格)由matplotlib,你最好直接寫原始Python代碼:
- 學習基本的語法SVG
- 使用Python來生成基本佈局
- 設計你的圖像元素
- 計算和轉換數據座標;你最好在極座標系下考慮它(我做了同樣的事情,但沒有開源代碼。)
- 輸出你的元素。
如果你喜歡,加入circos的谷歌小組討論:http://groups.google.com/group/circos-data-visualization
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看來,Biopython的模塊GenomeDiagram具有類似的功能,但它是專爲繪製基因組數據,但沒有任何數據,如circos,並且輸出結果不會那麼好。
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