如何在二進制3D圖像中查找集羣？

我有一個二進制3D圖像，即它只包含0和1.現在我想找到所有的1的聚類（即只包含值1的體素聚類）。最後，對於每個羣集，我應該知道屬於該羣集的體素的座標。如何在二進制3D圖像中查找集羣？

這怎麼辦？當然，我可以遍歷所有體素，但難點是檢測羣集並提取羣集內的所有體素。

我想在Matlab中做到這一點。

2015-07-10 machinery

如果我理解的很好，您想使用[bwconncomp]（http://www.mathworks.com/help/images/ref/bwconncomp.html）以及適當的連接級別（即6,18或26）來連接3D案例。 –

使用regionprops與'PixelIdxList'屬性。這默認使用8路連接區域。它還獲得對計算有用的線性索引。

例子：

A = false(4,4,3); 
A(1,1,1) = true; 
A(3,3,3) = true; 
rp = regionprops(A,'PixelIdxList'); 

EDU>> A(rp(1).PixelIdxList) 

ans = 

    1 

EDU>> A(rp(2).PixelIdxList) 

ans = 

    1

您還可以使用'PixelList'來獲得3D座標：

EDU>> rp = regionprops(A,'PixelList'); 
EDU>> rp 

rp = 

2x1 struct array with fields: 
    PixelList 

EDU>> rp(1) 

ans = 

    PixelList: [1 1 1] 

EDU>> rp(2) 

ans = 

    PixelList: [3 3 3]

來源

2015-07-10 18:03:03 Justin

謝謝。 8路連接區域是什麼意思？在你的例子中，你只有一個體素的集羣。它是否也會返回具有多個體素的體素的體素座標？ – machinery

通常，當您想要查找連續區域時，必須指定連接。它可以是4路或8路連續的。 4路連接意味着它將搜索左上，右下，而8路將搜索點周圍的所有8個像素。 [這裏]（https://www.cs.auckland.ac.nz/courses/compsci773s1c/lectures/ImageProcessing-html/neighbourhoods.gif）是描述它的好圖片。這是2D的情況下順便說一句。 – Justin

但是這是2D的，就像你說的那樣。應該不使用16路的3D或類似的東西？ – machinery

這被稱爲連接組件分析。

一個簡單的方法是種子填充：系統地掃描整個域;當你遇到'1'時，遞歸地訪問所有的'1'鄰居並將它們設置爲'0'（以避免再次訪問它們）。頂級訪問枚舉集羣中的所有體素。羣集清除後，繼續搜索其他'1'。

請注意，這將是堆棧密集型的，並且爲此目的實現顯式堆棧會更好。

來源

2015-07-10 17:58:34

這取決於你希望使用的規則。以及你的3D代表如何。它是一個點雲，或使用顏色來表示深度的2D位圖，或 3D陣列，或者是什麼......

你可以試試聚類他們根據平面或三維空間內的小3D雲。如果首先將三維空間切分爲平面，並在其上使用二維聚類算法。然後，您將爲每個深度平面（如果存在）提供羣集。如果其次，修改二維搜索聚類算法以使用空間立方體代替平面的平方作爲框架。您甚至可以在切片平面上使用2D算法，然後檢查周圍的平面以查看集羣是否在3D空間中更遠。但是這樣做效率不高。我不是一個matlab專家，所以我不能幫你實現，，但也許有一些工具箱已經完成你想要的。而且，當然，你如何做到這一點很大程度上取決於你的形象在內存中的表現如何。也許你將不得不改變格式，以便輕鬆高效地提取羣集。給Google做點什麼。

編輯：剛剛有一個想法。使用適當的格式並對數據進行排序。你應該得到所有相鄰點的列表。合併輸入數據中的座標信息。排序通常比連接快。

來源

2015-07-10 18:17:23 Dalen

我認爲jucistains解決方案會做。 – Dalen

如何在二進制3D圖像中查找集羣？

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