矩陣的2D不規則聚合

Question

我想在R中使用不規則間隔的對稱矩陣，但我不知道如何繼續。我的想法是：

• 將矩陣重塑爲長格式，聚合並將其轉換回來？
• bin在兩個維度（不知何故... ... tapply，聚合？）
• 保持常規binning，但對於我的每個（較大）不規則箱，用它們的總和替換所有內部值？

這裏是什麼，我試圖做一個例子：

set.seed(42) 

# symmetric matrix 
a <- matrix(rpois(1e4, 2), 100) 
a[upper.tri(a)] <- t(a)[upper.tri(a)] 

image(x=1:100, y=1:100, a, asp=1, frame=F, axes=F) 

# vector of irregular breaks for binning 
breaks <- c(12, 14, 25, 60, 71, 89) 

# white line show the desired bins 
abline(h=breaks-.5, lwd=2, col="white") 
abline(v=breaks-.5, lwd=2, col="white") 

（其目的是使每個矩形上方繪製根據其內部值的總和來填補。 ）我會很感激任何指導如何最好地處理這個問題。

Answer 1

This answer提供使用tapply一個很好的起點：

b <- melt(a) 

bb <- with(b, tapply(value, 
    list(
     y=cut(Var1, breaks=c(0, breaks, Inf), include.lowest=T), 
     x=cut(Var2, breaks=c(0, breaks, Inf), include.lowest=T) 
    ), 
    sum) 
) 

bb 
#   x 
# y   [0,12] (12,14] (14,25] (25,60] (60,71] (71,89] (89,Inf] 
# [0,12]  297  48  260  825  242  416  246 
# (12,14]  48  3  43  141  46  59  33 
# (14,25]  260  43  261  794  250  369  240 
# (25,60]  825  141  794 2545  730 1303  778 
# (60,71]  242  46  250  730  193  394  225 
# (71,89]  416  59  369 1303  394  597  369 
# (89,Inf] 246  33  240  778  225  369  230 

這些然後可以繪製爲使用鹼情節和rect矩形箱 - 即：

library("reshape2") 
library("magrittr") 

bsq <- melt(bb) 

# convert range notation to numerics 
getNum <- . %>% 
    # rm brackets 
    gsub("\\[|\\(|\\]|\\)", "", .) %>% 
    # split digits and convert 
    strsplit(",") %>% 
    unlist %>% as.numeric 

y <- t(sapply(bsq[,1], getNum)) 
x <- t(sapply(bsq[,2], getNum)) 

# normalise bin intensity by area 
bsq$size <- (y[,2] - y[,1]) * (x[,2] - x[,1]) 
bsq$norm <- bsq$value/bsq$size 

# draw rectangles on top of empty plot 
plot(1:100, 1:100, type="n", frame=F, axes=F) 
rect(ybottom=y[,1], ytop=y[,2], 
    xleft=x[,1], xright=x[,2], 
    col=rgb(colorRamp(c("white", "steelblue4"))(bsq$norm/max(bsq$norm)), 
      alpha=255*(bsq$norm/max(bsq$norm)), max=255), 
    border="white")