比較兩個序列

Question

我真的很難學習Python 3，現在我正在爲這一個練習而努力。

我必須寫一個函數，使用兩個參數：

1）它是一種DNA序列的字符串。

2）相同的長度作爲參數酮（也DNA序列）

函數必須返回一個浮子（那是在兩個DNA序列相同的鹼基比例的字符串）。

所以，我知道我必須寫，這將返回類似這樣的功能：

seq_similarity("ATGC","AGTT") 

應該返回

0.75 

我只走到這一步，現在我被困甚至在我開始之前：

def sequence_similarity(seq1,seq2): 
    seq1="AGTC" 
    seq2="AGTT" 

你能幫我開始嗎？

Answer 1

您可以使用sum，並給它一個條件：

sum(x==y for (x,y) in zip(seq1, seq2)) 

這就爲您的兩個字符串說3。

那麼接下來由長度劃分：

sum(x==y for (x,y) in zip(seq1, seq2))/len(seq1) 

當心整數如果使用2.X：

sum(x==y for (x,y) in zip(seq1, seq2))/float(len(seq1)) 

Answer 2

有一個內置

from difflib import SequenceMatcher 

def similar(a, b): 
    return SequenceMatcher(None, a, b).ratio()