基於另一個矩陣（矩陣包）的稀疏矩陣的清零元素

Question

我有W這是一個400萬行二進制稀疏矩陣。我正在使用Matrix包。 我想能夠計算如下：

W2 = W %*% W    #W2 becomes a dgCMatrix 
W2@x[ W2@x > 1 ] = 1 
W2 = W2 - W 
W2@x[ W2@x < 0 ] = 0 

不幸的是在這次行動中的第三行完全象垃圾一樣清除我的電腦。我能夠很好地計算行（1）和（2），但是當我嘗試計算行（3）時，R需要比我有更多的RAM。我確信W2 - W比單獨的W2「更稀疏」。

是否有矢量形式的任何算法，允許在W中爲0的位置爲W2？有沒有任何有效的方法來在R中實現這一點？

Answer 1

我假設一個4,000,000x400,000矩陣，否則第1行將返回錯誤'A和B內部尺寸必須匹配'。

我很難複製你的問題。見下文。

> library(Matrix) 
> W<-rsparsematrix(nrow=4000000,ncol=4000000,density = .0000001) 
> W<-W>0 
> str(W) 
Formal class 'lgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots 
    ..@ i  : int [1:1600000] 623428 717198 3216269 3398149 3888958 3970651 3106201 61257 370389 3031066 ... 
    ..@ p  : int [1:4000001] 0 2 3 3 4 5 6 6 6 7 ... 
    ..@ Dim  : int [1:2] 4000000 4000000 
    ..@ Dimnames:List of 2 
    .. ..$ : NULL 
    .. ..$ : NULL 
    ..@ x  : logi [1:1600000] TRUE FALSE TRUE TRUE FALSE TRUE ... 
    ..@ factors : list() 
> W2 <- W %*% W 
> str(W2) 
Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots 
    ..@ i  : int [1:638322] 908991 1031349 2979756 1924552 3421130 992757 1375889 2872056 3161609 3389210 ... 
    ..@ p  : int [1:4000001] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... 
    ..@ Dim  : int [1:2] 4000000 4000000 
    ..@ Dimnames:List of 2 
    .. ..$ : NULL 
    .. ..$ : NULL 
    ..@ x  : num [1:638322] 1 0 0 0 0 1 1 1 1 0 ... 
    ..@ factors : list()  
> W2@x[ W2@x > 1 ] = 1 
> W2 = W2 - W 
> W2@x[ W2@x < 0 ] = 0 
> str(W2) 
Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots 
    ..@ i  : int [1:2238320] 623428 717198 3216269 3398149 3888958 3970651 3106201 61257 370389 908991 ... 
    ..@ p  : int [1:4000001] 0 2 3 3 4 5 6 6 6 7 ... 
    ..@ Dim  : int [1:2] 4000000 4000000 
    ..@ Dimnames:List of 2 
    .. ..$ : NULL 
    .. ..$ : NULL 
    ..@ x  : num [1:2238320] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 ... 
    ..@ factors : list() 

重要的是，你的第2行在我的例子中什麼都不做，因爲W％*％W只返回1和0。