標籤3d numpy數組與scipy.ndimage.label

Question

我有一個由1和零組成的大型3d numpy數組。我想使用scipy.ndimage.label工具來標記每個子數組（2d）中的特徵。

的3D陣列的一個子集是這樣的：

subset=np.array([[[1, 0, 0], 
    [1, 0, 1], 
    [0, 0, 0]], 

    [[0, 0, 0], 
    [1, 0, 1], 
    [0, 0, 1]], 

    [[0, 0, 0], 
    [1, 0, 0], 
    [0, 1, 1]], 

    [[0, 0, 0], 
    [1, 0, 0], 
    [1, 1, 1]]], dtype=uint8) 

當我使用標籤工具在這個子集的一小部分作品糾正：

>>>label(subset[0:3])  
(array([[[1, 0, 0], 
    [1, 0, 2], 
    [0, 0, 0]], 

    [[0, 0, 0], 
    [1, 0, 2], 
    [0, 0, 2]], 

    [[0, 0, 0], 
    [1, 0, 0], 
    [0, 2, 2]]]), 2) 

然而，當我使用標籤工具的整個子集工作不正常：

>>>label(subset) 
(array([[[1, 0, 0], 
    [1, 0, 1], 
    [0, 0, 0]], 

    [[0, 0, 0], 
    [1, 0, 1], 
    [0, 0, 1]], 

    [[0, 0, 0], 
    [1, 0, 0], 
    [0, 1, 1]], 

    [[0, 0, 0], 
    [1, 0, 0], 
    [1, 1, 1]]]), 1) 

任何想法如何解決這個問題？

ps。 我試圖標註的完整數組包含350219二維數組。

Answer 1

我在丹曼的幫助下回答了這個問題。

我不得不定義標籤工具全新的3D結構：

str_3D=array([[[0, 0, 0], 
    [0, 0, 0], 
    [0, 0, 0]], 

    [[0, 1, 0], 
    [1, 1, 1], 
    [0, 1, 0]], 

    [[0, 0, 0], 
    [0, 0, 0], 
    [0, 0, 0]]], dtype='uint8') 

現在在標籤返回我的子集如下：

>>> label(subset,structure=str_3D) 
# outputs: 
(array([[[1, 0, 0], 
    [1, 0, 2], 
    [0, 0, 0]], 

    [[0, 0, 0], 
    [3, 0, 4], 
    [0, 0, 4]], 

    [[0, 0, 0], 
    [5, 0, 0], 
    [0, 6, 6]], 

    [[0, 0, 0], 
    [7, 0, 0], 
    [7, 7, 7]]]), 7)