2017-08-03 153 views
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我對xarray中的時間變量有誤解。我有時間既是無限的維度和變量netcdf4文件這樣定義(如座標變量):python xarray失去時間變量的單位屬性

double time(time=59231); 
    :_Netcdf4Dimid = 0; // int 
    :units = "seconds since 2015-11-12 16:1:48.500000 0:00"; 

還有保存在文件中EPIC約定時間(因爲我還在來回在此之間約定的測試代碼)

int EPIC_time(time=59231); 
    :units = "True Julian Day"; 
    :epic_code = 624; // int 
    :datum = "Time (UTC) in True Julian Days: 2440000 = 0000 h on May 23, 1968"; 
    :NOTE = "Decimal Julian day [days] = time [days] + (time2 [msec]/86400000 [msec/day])"; 
    :_Netcdf4Dimid = 0; // int 
    :serial_number = "23881"; 
    :sensor_type = "TRDI"; 
    :sensor_depth = 10.367607116699219; // double 
    :initial_sensor_height = 1; // int 
    :initial_sensor_height_note = "height in meters above bottom: accurate for tripod mounted instruments"; 
    :height_depth_units = "m"; 
    :_FillValue = -1; // int 
    :_Unsigned = "true"; 

而且還有與儀器標題中有太多的變量:

float Hdg_1215(time=59231, lat=1, lon=1); 
    :_FillValue = 1.0E35f; // float 
    :units = "degrees"; 
    :name = "Hdg"; 

要打開文件,並用它,我做這項工作:

import xarray as xr 
import numpy as np 
import datetime as dt 
vars2omit = {'EPIC_time','EPIC_time2'} 
ds = xr.open_dataset(infile,decode_times=True,drop_variables=vars2omit) 

我可以繪製和處理數據。儘管有兩個非常奇怪的行爲,其解釋將幫助我理解xarray的內部工作原理。

文件打開後,嘗試訪問時間變量(座標時間變量)的單位屬性失敗。爲什麼?該屬性在文件中。

print(ds['Hdg_1215'].attrs['units']) # this works 
print(ds['time'].attrs['units']) # this fails, KeyError: 'units' 

回答

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xarray自動解碼它理解成座標變量datetime64對象時間變量,所以具有units是不合適的。

如果告訴它decode_times=False,它不會創建datetime64對象,併爲您留下一個簡單的數字數組,其中需要使用units來解釋這些值。

下面是一個例子:

import xarray as xr 
url ='http://geoport.whoi.edu/thredds/dodsC/usgs/data2/emontgomery/stellwagen/CF-1.6/ARGO_MERCHANT/1211P-A.cdf' 
xr.open_dataset(url) 

生產:

<xarray.Dataset> 
Dimensions:    (time: 10748) 
Coordinates: 
    latitude    float32 ... 
    longitude    float32 ... 
    * time     (time) datetime64[ns] 1977-01-08T11:33:44 ... 
    z      float64 ... 
Data variables: 
    feature_type_instance |S64 ... 
    crs     int32 ... 
... 

xr.open_dataset(url, decode_times=False) 

生產:

<xarray.Dataset> 
Dimensions:    (time: 10748) 
Coordinates: 
    latitude    float32 ... 
    longitude    float32 ... 
    * time     (time) float64 2.216e+08 2.216e+08 2.216e+08 ... 
    z      float64 ... 
Data variables: 
    feature_type_instance |S64 ... 
    crs     int32 ...