如何在R中管理多個包位置（文件夾）？

在升級到R-2.14之前，我想借此機會合理化已安裝軟件包的文件夾結構。如何在R中管理多個包位置（文件夾）？

目前我使用R默認值，即所有新安裝的軟件包都轉到R_LIBS_USER。不過，我真正區分兩類包：

包我反覆使用我的工作，例如， plyr，data.table等
軟件包只安裝與試驗（通常複製的問題和答案在計算器上）

由於install.packages提供一個指定lib參數的選項，這顯然是可能的。

是否有一種管理包裹位置的簡單方法，例如通過在.RProfile或RProfile.Site中創建一些合理的設置/包裝功能？

2011-11-03 Andrie

這裏是[一個相關的和有用的問答]（http://stackoverflow.com/questions/2988559/how-do-you-use-multiple-versions-of-the-same-r-package）。 – Iterator

哈德利的優秀包devtools提供了一個功能dev_mode。
http://www.inside-r.org/packages/cran/devtools/docs/dev_mode

在這裏你可以找到一個例子用法：https://gist.github.com/1150934

基本上，

dev_mode(TRUE, path = "anywhere-you-want-to-install") 
install.packages("anything-that-you-want-to-install")

是一種強有力的方式。

來源

2011-11-03 10:52:41 kohske

有很多選擇。我做的第一件事是修改我的Rprofile.site以包含以下行，使我的默認庫路徑成爲我的R安裝中不包括的目錄。

.libPaths(c("D:/R/Library",.libPaths()))

這使得D:/R/Library我的默認路徑不會丟失其他路徑。您可以添加兩條路徑，如D:/R/Library/Work和D:/R/Library/Test。如果您在install.packages()中未指定lib，則放在第一個位置的是默認值。

然後，您可以在.Rprofile.site中分配兩個變量。這些被分配在基本的命名空間中，因此總是可以訪問的，並且不會被ls（）移除。像

.libwork <- 'D:/R/Library/Work' 
.libtest <- 'D:/R/Library/Test'

的東西，它允許你安裝軟件包，如：

install.packages('aPackage',lib=.libwork)

還有其他的選擇太我猜，但是這是我會怎麼滾。

來源

2011-11-03 10:27:57

+1大提示，Joris。 –

使用這種方法時會發出警告：當嘗試使用'R CMD檢查...'檢查/構建/安裝軟件包時，會導致複雜情況。原因在於'R CMD check'和'R CMD build'不會讀取'.Rprofile'（http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-exts.html#Checking-and-建築包）。 – Andrie

您應該能夠通過環境變量R_LIBS中冒號分隔的路徑列表指定幾個庫路徑/樹。我無法在R 2.13.1打補丁的時候可靠地工作 - 它只能使用第一個條目。我得到R_LIBS和R_LIBS_USER在我的系統上可靠地工作 - 我通常只設置前者。

.libPaths()可以爲搜索到的庫樹集添加新路徑。我只需在我的.Rprofile中添加適當的電話.libPaths(new)即可爲每個會話添加相關的樹。然後，您可以選擇在安裝時安裝軟件包的位置 - 即使用哪個樹。

來源

2011-11-03 10:33:49

這裏的經驗相同。這就是爲什麼我使用.libPaths（）來設置這些。另外，因爲install.packages（）將.libPaths（）的第一個值作爲默認值。我發現比擺弄環境變量更容易。 –

要回答，我必須給出一些背景。

出於可重現性的目的，我嘗試編寫腳本，包括我的整個R設置。我有一個腳本「initializeR.r」，其中包括安裝軟件包，並且我已經安裝了軟件包，比如與緩存有關的軟件包，與可視化，採樣，空間統計等相關的軟件包 - 我自己的小軟件任務視圖，如果你願意的話。

舉例來說，這裏是一個片段：

# Profiling & testing 
Packages$CodingTools = c("codetools","debug", "profr","proftools","RUnit")

我結合一些束變成了「大」包（或主要）列表和其他人進入「輔助」列表中。我一定要在主列表上安裝所有東西 - 這些都需要有一個合理的R環境，使用我自己的腳本，函數和包等。（順便說一下，一些包被分配到多個包，但只有少數;我在處理彙總列表之前進行了重複處理。）

然後，我指定一個特定於平臺的默認庫，然後安裝到那裏。然而，這種能力是可擴展的，並且這個想法可以擴展到包括每個包捆綁包（或包）的可選位置：只從包名稱映射，例如，「CodingTools」轉換爲唯一的目錄（庫路徑），例如「D：/ R/Library/CodingTools」。這可以在初始化腳本中完成，默認選項爲匹配列表&，或者位置可以存儲在別處，例如散列表，JSON或數據庫。

正如其他人所說的，默認庫路徑需要傳遞給R.這可以在.RProfile.site中完成。在我的情況下，我有另一個腳本用於根據需要初始化R實例。我嘗試避免由R讀取的外部參數文件（例如.Rprofile），而是通過函數調用在我自己的包中進行所有初始化（儘管參數仍然是外部的）。這往往會使我更容易調試和重現我的工作。所以，我的庫路徑可以包含在指定數據文件位置的同一種JSON中。

個人而言，我想遠離定義腳本內的包，而是使用JSON，因爲我可以更輕鬆地爲不同的安裝配置創建不同的JSON文件。我已經爲了大多數其他重複性工作目的而做到這一點。

來源

2011-11-03 13:51:14 Iterator

如何在R中管理多個包位置（文件夾）？

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