安裝所有尚未安裝的CRAN軟件包？

下面的R命令將安裝所有CRAN軟件包：安裝所有尚未安裝的CRAN軟件包？

availablePackages <- available.packages()[,1] 
install.packages(availablePackages)

而下面的命令將列出所有已安裝的軟件包：

installedPackages <- .packages(all.available = TRUE)

我的問題是：如何指導R鍵安裝所有CRAN尚未安裝的軟件包？

來源

2010-01-30 knorv

另一個簡單的例子是建立一個筆記本電腦給另一位分析師，他可能正在離線工作而不是試圖預測他們將使用哪些軟件包，只需安裝它們。配置分析筆記本電腦時，我的部門採取這種方法。 – fmark 2012-05-25 02:15:47

'setdiff（letters，letters [5:15]）' – baptiste 2014-03-16 11:38:50

坦率地說，我認爲這是艱苦的工作......這將持續，甚至幾個星期（取決於資源）天，但這裏的代碼（我只是喜歡做瑣碎的事情）：

# get names of installed packages 
packs <- installed.packages() 
exc <- names(packs[,'Package']) 

# get available package names 
av <- names(available.packages()[,1]) 

# create loooong string 
ins <- av[!av %in% exc] 
install.packages(ins)

我仍然不要明白你爲什麼要這樣做，但是，嘿...有些事情並不意味着...... 最讓我感到奇怪的是你已經回答了你自己的問題！你得到了你需要的東西，並且這取決於你把東西放在一起... 我們是否錯過了這一點？你有沒有別的想法？！？

來源

2010-01-31 01:11:50 aL3xa

1）你爲什麼要這樣做？其中有超過3500（截至2012年2月）？

2）您是否看過CRAN Task Views和ctv軟件包，它允許您從給定任務安裝軟件包？

3）您黑體的問題是一個簡單的索引查詢，您可以自己動手完成（而除此之外，還看到help(sets)）

R> available <- LETTERS     # a simple set 
R> installed <- LETTERS[c(1:10, 15:26)] # a simple subset 
R> available[ ! available %in% installed ] 
[1] "K" "L" "M" "N" 
R>

編輯：響應您的後續：

a）如果軟件包在Linux和Windows上未通過'R CMD檢查'，則不會上傳到CRAN。這樣工作就完成了。 b）讓你的一切都取決於你的結局，你也會看到。我們爲（它完成了不僅僅是安裝的Debian軟件包構建）提供了cran2deb。我們在建立的2150個軟件包中獲得了大約2050個。有一些我們拒絕建立，因爲許可證，有些我們不能，因爲缺少標題或庫，還有一些我們無法構建，因爲它們需要BioConductor軟件包。

來源

2010-01-30 19:40:22

我想確保我的系統具有所有正確的依賴關係，並且我正在通過嘗試構建整個CRAN來測試它:-) CRAN是否包含許多破損的包我應該期望不會構建？ – knorv 2010-01-30 20:03:50

如果您沒有在標準位置安裝庫，那麼您應該期望有一些內容不會生成。例如，rgdal假設GDAL安裝在配置腳本可以找到的某處。如果您將它安裝在非標準位置，則必須手動將R CMD INSTALL指向正確的位置。 – Sharpie 2010-02-01 04:27:52

@Dirk「超過兩千」仍然是一個有效的估計，但我，呃，採取了減少殘餘的自由。 – Iterator 2012-02-08 13:57:09

鍵入以下命令，然後將所有軟件包將被自動安裝：

 >install.packages(available.packages()[,1])

來源

2014-03-16 01:32:56

這對以前的任何答案都有哪些改進？ – 2014-03-16 03:19:19

如果這樣做，它更清潔 – CodeGuyRoss 2016-10-26 18:11:19

這種方法的缺點是，你的會議可能會在某個時候遇到問題並結束。使用aL3xa的方法意味着，每次運行代碼時，與上次運行代碼時相比，安裝的軟件包要少。 – 2016-12-17 20:14:03

我測試過這一點，它的工作原理

availablePackages=available.packages() 
availablePackages<-as.vector(availablePackages[,1]) 
installedPackages=.packages(all.available = TRUE) 
missedPackages<-setdiff(availablePackages, installedPackages) 
for (i in 1:length(missedPackages)) 
{ 
pkgName <- missedPackages[i] 
install.packages(pkgName) 
} 
print("END")

問候

來源

2017-04-02 16:51:57

需要多長時間？ – OganM 2018-02-02 01:13:45

安裝所有尚未安裝的CRAN軟件包？

回答

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