在Rcpp中查找最小矢量

由於昨晚我一直在嘗試Rcpp和inline，到目前爲止我非常享受它。但我一般對C有點新，只能做基本的東西，而且我很難在網上找到像函數這樣的東西。在Rcpp中查找最小矢量

我正在研究的是一個函數，它可以在全局環境中找到一個向量的最小值。我想出了：

library("inline") 
library("Rcpp") 

foo <- rnorm(100) 

bar <- cxxfunction(signature(), 
' 
Environment e = Environment::global_env(); 
NumericVector foo = e["foo"]; 
int min; 

for (int i = 0; i < foo.size(); i++) 
{ 
    if (foo[i] < foo[min]) min = i; 
} 
return wrap(min+1); 
', plugin = "Rcpp") 

bar()

但好像應該有這樣做的更簡單的方法，它比which.max()

system.time(replicate(100000,bar())) 
    user system elapsed 
    0.27 0.00 0.26 
system.time(replicate(100000,which.min(foo))) 
    user system elapsed 
    0.2  0.0  0.2

我俯瞰基本c++或Rcpp功能相當慢於做這個？如果是這樣，我可以在哪裏找到這樣的功能列表？

我想這個問題是關於： Where can I learn how to write C code to speed up slow R functions?

，但在不同的我不是在如何R納入c++很感興趣，但更多的是如何以及在哪裏學習基本c++代碼是可用R。

來源

2011-03-01 Sacha Epskamp

我非常懷疑你會加快使用C++的最小和最大操作速度 - 這些可能已經在R中使用（快速）SSE指令來實現。另外，從C++到R的過渡並不是免費的。 – 2011-03-01 17:57:52

我意識到，這更多是指概念，這是我試圖在R中實現的一個更大的C++函數的一部分。 – 2011-03-01 18:17:21

很高興你發現Rcpp有用。

比利的第一條評論是非常正確的。在函數查找中有開銷，並且在每個元素的[]查找中都有開銷。

此外，更常用的方法是採用R中的矢量，將它傳遞給您通過編譯的函數創建內聯和Rcpp，並讓它返回結果。試試看。這個軟件包中有很多例子，它們遍佈在rcpp-devel郵件列表的檔案中。

編輯：我無法抗拒試圖設置一個非常C++/STL風格的答案。

R> src <- ' 
+ Rcpp::NumericVector x(xs); 
+ Rcpp::NumericVector::iterator it =  // iterator type 
+  std::min_element(x.begin(), x.end()); // STL algo 
+ return Rcpp::wrap(it - x.begin()); ' 
R> minfun <- cxxfunction(signature(xs="numeric"), body=src, plugin="Rcpp") 
R> minfun(c(7:20, 3:5)) 
[1] 14 
R>

這不正是最簡單的答案，但它說明了如何使用什麼C++提供你甚至可以在C++水平沒有找到一個（明確）循環的最小單元。但內置函數min()仍然更快。

*編輯2：根據下面的羅曼的評論更正。

來源

2011-03-01 18:43:04

但是，您的STL版本實現'min'，這不是Sacha想要的：'which.min '。 – 2012-10-25 06:58:11

看起來很好 - 但是由於'min_element（）'返回一個迭代器，我們可以像我剛纔那樣簡單地修復它 - 在它現在（正確）返回14的示例上。 – 2012-10-25 13:26:40

Rcpp 0.9.16將有'which_min' – 2012-11-03 08:19:41

在Rcpp中查找最小矢量

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