與errorbars分組barplot在GGPLOT2

Question

簡介：

我遇到的麻煩在分組barplot繪製一些errorbars。

我試圖適應最初用於我用來做如下圖未分組barplot一些代碼：

問題：

現在我試圖爲每個地點繪製多種空氣污染物。

我正在融化兩個獨立的數據框（一個是平均值，一個是置信區間），然後將它們連接在一起。我已經成功製作了一個分組的barplot，但是這個錯誤欄看起來很瘋狂！

我該如何正確映射我的錯誤條，才能模仿上面未分組的barplot？

重複的例子：

見我下面整個數據出處：

## mean values generated from raw data for each pollutant by site: 
df.mean <- structure(list(id = structure(1:5, .Label = c("A", "B", "C", "D", "E"), class = "factor"), co_mean = c(0.00965315315315315, 0.201591548253404, 0.180300223214286, 0.14681828358209, 0.136609422703303), no_mean = c(2.09379071379071, 7.17386693309651, 5.11211979166667, 7.070375, 8.84492922564529), no2_mean = c(2.90698198198198, 15.3616940497336, 14.4540014880952, 17.8782126865672, 9.94047529836248), o3_mean = c(0.848970893970894, 19.6143709295441, 18.0919508928571, 19.1743544776119, 23.300829170136)), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"), .Names = c("id", "co_mean", "no_mean", "no2_mean", "o3_mean"), row.names = c(NA, -5L)) 

## confidence intervals generated from raw data for each pollutant by site: 
df.ci <- structure(list(id = structure(1:5, .Label = c("A", "B", "C", "D", "E"), class = "factor"), co_ci = c(0.00247560132518893, 0.00347796717254879, 0.00376771895817099, 0.025603853701267, 0.00232362415184514), no_ci = c(0.955602056071903, 0.179936357209358, 0.166243603959864, 0.413094097187208, 0.20475667069271), no2_ci = c(0.975169763947207, 0.251717055459865, 0.230073674418165, 0.479358833879918, 0.148588790912564), o3_ci = c(0.22710620006376, 0.283390020715785, 0.279702181925963, 0.754017640698111, 0.376479324970397)), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"), .Names = c("id", "co_ci", "no_ci", "no2_ci", "o3_ci"), row.names = c(NA, -5L)) 

## convert each df to long-format: 
df.mean.long <- melt(df.mean) 
df.ci.long <- melt(df.ci) 

## join two long dfs back together for plotting: 
df.long.join <- full_join(df.mean.long, df.ci.long, by="id") 

## generate confidence intervals relative to each mean: 
limits <- aes(ymax = value.x + value.y, ymin = value.x-value.y) ## this is likely the problem! 

## create our barplot: 
barplot <- ggplot(df.long.join, aes(x=id, y=value.x, fill = variable.x)) + 
    geom_bar(position="dodge", stat="identity") + 
    geom_errorbar(limits, position = "dodge", width = 0.25) 

barplot 

預先感謝您！

Answer 1

您的連接正在添加額外的行，因此會增加額外的錯誤欄，因爲每個數據框中的每個級別id都有四個匹配的副本。誤差條也不會與條形圖相同的量。

下面的代碼對數據進行整形以獲得所需的連接，並且還使用刻面來避免對圖例的需要。您可以切換x變量和faceting變量，具體取決於您要突出顯示哪些比較。

要塑造數據，目標是加入id和pollutant，所以我們需要以長格式獲取每個數據幀並在每個數據框中獲取常見的污染物名稱。

我們首先使用gather（一個tidyr功能實質上是melt從reshape2包等效）把df.mean長格式。 separate是否給我們一個只有污染物縮寫的專欄，沒有附加_mean。然後我們擺脫用separate創建的不需要的mean列（儘管我們不必這樣做）。

現在我們做同樣的事情到df.ci，但我們也改變了value列ci的名稱，以便它會從我們df.mean創建的value列不同。

left_join將兩個重新整形的數據幀組合成一個數據幀，準備繪圖。

library(tidyverse) 

df.mean %>% 
    gather(key, value, -id) %>% 
    separate(key, c("pollutant", "mean")) %>% 
    select(-mean) %>% 
    left_join(df.ci %>% 
       gather(key, value, -id) %>% 
       separate(key, c("pollutant", "ci")) %>% 
       select(id, pollutant, ci=value)) %>% 
    ggplot(aes(x=pollutant, y=value, fill = pollutant)) + 
    geom_bar(position=position_dodge(0.95), stat="identity") + 
    geom_errorbar(aes(ymax=value + ci, ymin=value-ci), position = position_dodge(0.95), width = 0.25) + 
    facet_grid(. ~ id) + 
    guides(fill=FALSE)