r中的熱圖生成

我需要一些關於R中heatmap.2生成熱圖的建議。我有一個基因表達值矩陣，它有15616行和27列作爲生成熱圖的矩陣。問題是我正在使用的代碼是創建熱圖，但可視化效果不好，因爲矩陣尺寸很大。那麼你能否給我一些關於如何從這麼大的矩陣中獲得適當的熱圖的建議。我附加了我正在使用的命令來生成熱圖，並且警告也會接收當前熱圖的圖像。如果有人能夠幫助我調整尺寸以生成適當的熱圖，這將是非常好的。r中的熱圖生成

color <- colorpanel(100,low="blue",mid="white",high="red") 
heatmap.2(data4,Rowv="none",col=color,trace='none',density.info="none",scale="row",labRow=NULL,lmat=rbind(c(0, 3), c(2,1), c(0,4)), lhei=c(1.5, 4, 2))

警告消息：

在heatmap.2（DATA4，Rowv = 「無」，列=彩色，痕量= 「無」，：差異：Rowv是FALSE，而樹狀圖是省略行樹形圖

這將是很好，有一個正確的可視化的熱圖與顏色鍵盤小圖像更清晰的列是我的條件和圖像轉移有點正確當我生成時，它有點向左移動。我無法上傳熱圖的圖像，因爲我是新來的論壇，所以它不允許我這樣做。我無法在生成熱圖時判斷矩陣的值。

來源

2013-05-07 vchris_ngs

你的問題是有點過於模糊，得到一個詳細的答案，但是，這裏有幾件事情來幫助你：

顏色。通常，您希望mid點爲零。所以你可能想嘗試類似的東西：

breaks = c(seq(min(data4), 0, length.out=128), 
      seq(0, max(data4), length.out=128)) 
heatmap.2(..., col=bluered(255), breaks=breaks,...)

你的矩陣太大了 - 好使它變小。通常，熱圖中僅顯示「差異表達的基因」。所以選擇前50個基因，並繪製它們。

來源

2013-05-07 14:03:13 csgillespie

這些是27種不同的條件下從cuffdiff輸出所產生的表達值（FPKM），然後我已經產生了用於全部用與狀態OK注意的基因的表達值的條件的矩陣：可以是一個當病態協方差矩陣或其他數值異常阻止測試時，OK（測試成功），NOTEST（測試不足），LOWDATA（太複雜或淺序列），HIDATA（軌跡中太多碎片）或FAIL。所以現在我有一個矩陣，所有的基因已經正確映射了表達式值。 – 2013-05-07 14:26:45

r中的熱圖生成

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