Phyloseq和熱圖

Question

我從肺和嘴分析16S微生物數據，我基本上是自學R.所以我做了它通過qiime和使用已上傳兩個文件到R.我的OTU表：

otu=import_biom('C:\Users\OneDrive\otu_table.biom') 

和我的那種只包含SampleID，Location和Paired的「map」文件。例如：

SampleID Location Paired 
1_L  Lung  1 
1_M  Mouth  1 
2_L  Lung  2 
2_M  Mouth  2 

代碼：

map=read.csv('C:\Users\OneDrive\Mouth vs lung R map_adj.csv', 
      header=T,row.name=1,stringsAsFactors=F) 

我的數據是成對的，我想肺部比較VS使用熱圖的嘴。我一直對R有麻煩，首先它不會讓我按位置來做。我已經試過：

plot_heatmap(otu, sample.label="SampleType") 

而且我得到了這個錯誤：

Error in get_variable(physeq, sample.label) : 
Your phyloseq data object does not have a sample-data component 
Try ?sample_data for more details. 

我去?sample_data，我不知道我在這裏失蹤。

其次，我想按位置進行配對，如果有意義的話就配對。

任何人都可以幫助我解決這個問題，也許可以解釋我在這裏錯過了什麼，因爲我也有數據，我在基線觀察肺微生物羣，然後在2個月後再觀察數據。

謝謝你的幫助！

這裏是我的全部代碼：

library("phyloseq") 
packageVersion("phyloseq") 

otu=import_biom('C:\Users\closed-ref-33031010\otu_table.biom') 

map=read.csv('C:\Users\Qiime Maps\Mouth vs lung R map_adj.csv', 
      header=T,row.name=1,stringsAsFactors=F) 

sampledata1=sample_data(map) 

otu2=merge_phyloseq(otu,sampledata1) 
plot_heatmap(otu2) 

此外，我不能確定如何使

Answer 1

這個問題的答案是經過精心致力於該主題的幫助頁面上描述的phyloseq對象：

https://joey711.github.io/phyloseq/import-data.html

除非你的問題是關於某事的具體欠缺/是幫助頁面上混亂，我認爲這個鏈接回答這個問題。

作爲一個評論者提到，如果你確實得到了具體的，有人更可能提供一個精確和有用的答案。