關於樹狀圖的一些問題 - 蟒蛇（Scipy）

Question

我是新來的scipy，但我設法得到預期的樹狀圖。我還有更多的問題;

1. 樹形圖中，一些點之間的距離是0但它不是 可見，由於圖像的邊界。如何刪除邊框並將y軸的下限設置爲-1，以便清晰可見。 例如這些點之間的距離爲0（13,17），（2,10），（4,8,19）
2. 如何修剪/截斷特定距離。例如，修剪在0.4
3. 如何寫這些集羣（修剪後）到一個文件

我的Python代碼：

import scipy 
import pylab 
import scipy.cluster.hierarchy as sch 
import numpy as np 

D = np.genfromtxt('LtoR.txt', dtype=None) 
def llf(id): 
    return str(id) 
fig = pylab.figure(figsize=(10,10)) 
Y = sch.linkage(D, method='single') 
Z1 = sch.dendrogram(Y,leaf_label_func=llf,leaf_rotation=90) 
fig.show() 
fig.savefig('dendrogram.png') 

樹狀圖：

謝謝。

Answer 1

1. fig.gca().set_ylim(-0.4,1.2)這裏gca()返回當前axes對象，所以你可以給它一個名字

ax=fig.gca() 
ax.set_ylim(-0.4,ax.get_ylim()[1]) 

Answer 2

您可以修剪樹形圖，並獲取使用fcluster您的集羣。 爲了以0.4的距離修剪：

clusters = sch.fcluster(Y,t = 0.4,criterion = 'distance')

所得陣列（clusters）包含羣集標籤數據中的每一個觀察。您可以編寫使用numpy.savetxt數組：

np.savetxt('clusters.txt', clusters, delimiter=',')

Answer 3

邊框是因爲軸的顯示。因此，您可以使用以下命令刪除邊框：

fig = plt.figure(figsize=(10, 8)) 
ax2 = fig.add_axes([0.3, 0.71, 0.6, 0.2]) 
Y = sch.linkage(D, method='ward') 
Z2 = sch.dendrogram(Y) 
ax2.set_xticks([]) 
ax2.set_yticks([]) 
ax2.axis('off') 

ax.axis('off')隱藏邊框。