如何使用R來搜索pubmed，儘可能使用Ruby？

ncbi.esearch_count

我想知道如何使用R（通過也許Rcurl，或其他庫（XML）函數）來完成？

謝謝。

2010-10-30 Tal Galili

Ruby函數是BioRuby庫的一部分，它提供了圍繞NCBI EUtils的包裝。 R Bioconductor郵件列表中有一些brief discussion關於R的包裝，但我認爲它不在任何地方。

根據您的建議，可以使用使用RCurl和XML的EUtils。您構建正確的查詢URL，使用RCurl獲取結果並使用XML進行分析。我建議閱讀第二個鏈接中的文檔以獲取有關URL的詳細信息;這並不是很困難。但是，我認爲不存在與BioRuby非常有用的esearch_count（）相當的純EUtils。

編輯：可能是錯誤的最後一點，有EGQuery。

2010-10-30 11:03:35 neilfws

您好Neilfws，感謝您的答覆。我看到您提供的鏈接中的鏈接已損壞。我找不到那裏提到的包裹 - 你碰巧知道在哪裏找到它？ – 2010-10-30 11:24:16

我也看到了 - 這就是爲什麼我懷疑它沒有得到進一步發展。這裏似乎有一些代碼 - http://sites.google.com/site/gregorgorjanc/software - 但它的日期是2006年，並被描述爲「概念驗證」。 – neilfws 2010-10-30 13:07:49

有趣。看起來格里高爾已經在R-bloggers.com上有一個博客。我只是給他發了電子郵件，我希望他可能願意/能夠幫助。 – 2010-10-30 14:38:24

有一篇由Duncan Temple Lang發表的文章，可以說是R Web Services的院長，顯然這個文章的目的是爲了統計軟件雜誌說明訪問PubMed和RCurl。我只能在Omegahat網站找到它：

2010-11-01 13:34:18

奇妙的鏈接 - 它只說明如何使用cookie登錄，但仍然是寶石。謝謝迪寧！ – 2010-11-01 16:19:28

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