snakemake是用於處理輸出中介工作流程的正確工具

Question

我是新手，嘗試使用snakemake（上週左右），以便處理較少的工作流細節，以前我編寫了自己的特定工作流程通過python。

我生成了一個小工作流程，其中的步驟之間將使用Illumina PE讀取並運行Kraken對他們。然後，我會解析Kraken輸出的輸出，以檢測最常見的物種（在一組允許範圍內），如果沒有提供物種值（使用snakemake運行-s test.snake --config R1_reads = R2_reads = species = 「」。

我有2個問題。

1. 什麼給出動態輸出/輸入推薦的方法？

目前我對於這個策略是創建一個臨時文件，其中 包含將檢測到的物種cat {input.species}再變成 其他s地獄命令。這似乎並不高雅，但通過 看文檔，我不能找到一個適當的選擇。我注意到 PersistentDicts會允許我在運行之間傳遞變量：命令 ，但我不確定是否可以使用它將變量加載到shell中： 部分。我還注意到，包裝可以讓我處理它 然而，從我需要這個變量的角度來看，我會包裝 剩餘的工作流程。

1. 如果我希望事後使用物種運行特定物種的腳本（具有多種物種特定工作流程），snakemake是否是正確的工具？

現在我對如何解決這個問題的印象是有物種的多個工作流程文件，並有開關運行，根據物種調用相關的物種工作流程。

感謝有關這些問題的任何見解。

-Kim

Answer 1

您可以將輸出標記爲動態（例如，期望每個物種有一個文件）。然後，Snakemake將確定這些文件生成後的作業的下游DAG。見http://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html#dynamic-files