內核重啓運行中的IPython + PyMC

Question

我得到的IPython的筆記本電腦出現錯誤，說當我運行下面的代碼The kernel appears to have died. It will restart automatically.：

from sklearn.datasets import load_boston 
import numpy as np 
import pymc as pm 
import pandas as pd 

boston = load_boston() 
features = ['INDUS', 'NOX', 'RM', 'TAX', 'PTRATIO', 'LSTAT'] 
df = pd.DataFrame(boston.data, columns=boston.feature_names) 
X = np.array(df.ix[:, features]) 
y = boston.target 

gamma = pm.Binomial('gamma', 1, 0.5, size=len(features)) 
var = pm.Lambda('var', lambda gamma=gamma: (1-gamma)*0.001 + gamma*10) 
prec = pm.Lambda('prec', lambda var=var: 1.0/var) 
b = pm.Normal('b', 0, prec) 
int_ = pm.Normal('int_', 0, 0.01) 
taue = pm.Gamma('taue', 0.1, 0.1) 
mu = int_ + X[:,0]*b[0] + X[:,1]*b[1] + X[:,2]*b[2] + X[:,3]*b[3] + X[:,4]*b[4] + X[:,5]*b[5] 
observed = pm.Normal('obs', mu, taue, observed=True, value=y) 
M = pm.MCMC([observed, mu, int_, b, prec, var, gamma]) 
M.sample(10000, 500, 5) 

pm.Matplot.plot(M) 

如果它是相關的，我試圖重現的一個實例從此page（WinBUGS代碼，第14頁）的貝葉斯變量選擇。有時內核運行時出現故障M.sample()但大多數時候運行時出現錯誤pm.Matplot.plot(M)

我也試過用ipython qtconsole但結果是一樣的。在ipython中，它會導致分段錯誤。我在ipython 2.3.0，matplotlib 1.4.0，pandas 0.14.1，scikit-learn 0.15.2，pymc 2.3.4和python 2.7.8中使用conda環境。我用ipython 3.0.0創建了一個新的環境，但是這個問題依然存在。

任何人都可以重現此問題嗎？

UPDATE：

我試過了這個例子中的EC2實例使用新的蟒蛇環境，這是我能找到的，讓錯誤的唯一例子。的代碼我需要添加的唯一片是以下內容：

import matplotlib as mpl 
mpl.use('Agg') 
import matplotlib.pyplot as plt 

因此，我基本上在IPython的運行此：

import matplotlib as mpl 
mpl.use('Agg') 
import matplotlib.pyplot as plt 
%run model 

其中model恰好含有我貼最初相同的代碼的文件。錯誤有所改變。例如：

IndexError        Traceback (most recent call last) 
/home/ubuntu/model.py in <module>() 
    16 int_ = pm.Normal('int_', 0, 0.01) 
    17 taue = pm.Gamma('taue', 0.1, 0.1) 
---> 18 mu = int_ + X[:,0]*b[0] + X[:,1]*b[1] + X[:,2]*b[2] + X[:,3]*b[3] + X[:,4]*b[4] + X[:,5]*b[5] 
    19 observed = pm.Normal('obs', mu, taue, observed=True, value=y) 
    20 M = pm.MCMC([observed, mu, int_, b, prec, var, gamma]) 

IndexError: index 0 is out of bounds for axis 1 with size -4611686018427387904 

*** Error in `/home/ubuntu/anaconda/envs/env3/bin/python': double free or corruption (out): 0x00000000028a0b00 *** 
Aborted (core dumped) 

另一種：

In [5]: %run model 
[-----------------100%-----------------] 10000 of 10000 complete in 17.7 sec/home/ubuntu/anaconda/envs/env3/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/fromnumeric.py:2499: VisibleDeprecationWarning: `rank` is deprecated; use the `ndim` attribute or function instead. To find the rank of a matrix see `numpy.linalg.matrix_rank`. 
    VisibleDeprecationWarning) 
Plotting int_ 
Plotting prec_0 
Plotting prec_1 
Plotting prec_2 
Plotting prec_3 
Plotting prec_4 
Plotting prec_5 
Plotting var_0 
Plotting var_1 
Plotting var_2 
Plotting var_3 
Plotting var_4 
Plotting var_5 
Plotting gamma_0 
Plotting gamma_1 
Plotting gamma_2 
Plotting gamma_3 
Plotting gamma_4 
Plotting gamma_5 
Plotting b_0 
Plotting b_1 
Plotting b_2 
Plotting b_3 
Plotting b_4 
Plotting b_5 
*** Error in `/home/ubuntu/anaconda/envs/env3/bin/python': double free or corruption (out): 0x00000000023dc940 *** 
Aborted (core dumped) 

再次，類似於上面的錯誤：

In [6]: %run model 
[-----------------100%-----------------] 10000 of 10000 complete in 18.4 secPlotting var_0 
*** Error in `/home/ubuntu/anaconda/envs/env3/bin/python': double free or corruption (out): 0x00000000035f0f10 *** 
Aborted (core dumped) 

這一個先發生：

In [13]: gamma = pm.Binomial('gamma', 1, 0.5, size=len(features)) 
Segmentation fault (core dumped) 

最後：

In [22]: M.sample(10000, 500, 5) 
Segmentation fault (core dumped) 

有時，代碼正確運行併產生多個圖。爲了比較，我也跑了this example和this one沒有問題。

This是我在conda環境中安裝的軟件包列表。

Answer 1

這裏用Python 2.7.6和IPython 3.0.0-dev運行得很好。你可以嘗試升級/改變你的Matplotlib嗎？